Получил сертификат безопасности с помощью сертбота, пытаюсь настроить обновление. Получаю

ошибку, что домен непрошел аутентификацию.
Certbot failed to authenticate some domains (authenticator: webroot).
Detail: Invalid response from https://myDomain/.well-known/acme-challenge/aJLK9yx1p_jfnIWUWWyyX_guDj53WHYqaSktmZP_aMY [x.x.x.x]
Hint: The Certificate Authority failed to download the temporary challenge files created by Certbot. Ensure that the listed domains serve their content from the provided --webroot-path/-w and that files created there can be downloaded from the internet.
Сертбот кладет токен в указанное место, но в ошибках я вижу, что Let's Encrypt пытается смотреть уже по защищенному протоколу https. Должен же по http? Или проблема не в этом?
server {
listen 80;

server_name myDomain;

location ~ /.well-known/acme-challenge {
allow all;
root /var/www/certbot;
}

return 301 https://$host$request_uri;
}

https://letsencrypt.org/ru/docs/challenge-types/

а что ты хотел получить делая редирект на хттпс?

перенаправление всех запросов на 443 порт. 80 порт только для получения и обновления сертификата

ну ты же сам видишь, что до локейшена не доходит

у тебя идет перенаправление ВСЕХ запросов

и тильда тут не нужна. это ж не регулярка

и вообще выкини сертбот =)

разве что в виде ^~

смысл? регулярок больше не наблюдается

ну тут да. но смысл был заинтересовать и прочитать доку. а не пихать из интернетов не понимая ;)