Server { listen 443 http2 ssl;

server_name @.@.site.ru;
set $domainL3 "";
set $domainL4 "";
if ($host ~* ^([a-z0-9-\.]+)\.([a-z0-9-\.]+)\.site.ru$) {
set $domainL4 $1;
set $domainL3 $2;
}
index index.html index.php;

root /home/$domainL3/$domainL4;
location / {
try_files $uri uri/ $uri/index.html $uri/index.php?$query_string $uri/ =404;
}

ssl on;
ssl_certificate ssl/company.crt;
ssl_certificate_key ssl/company.pem;
ssl_protocols TLSv1 TLSv1.1 TLSv1.2;
ssl_prefer_server_ciphers on;
ssl_ciphers EECDH+ECDSA+AESGCM:EECDH+aRSA+AESGCM:EECDH+ECDSA+SHA512:EECDH+ECDSA+SHA384:EECDH+ECDSA+SHA256:ECDH+AESGCM:ECDH+AES256:DH+AESGCM:DH+AES256:RSA+AESGCM:!aNULL:!eNULL:!LOW:!RC4:!3DES:!MD5:!EXP:!PSK:!SRP:!DSS;
ssl_session_cache shared:TLS:2m;
ssl_session_tickets off;
ssl_stapling on;
ssl_stapling_verify on;
add_header Strict-Transport-Security 'max-age=31536000; includeSubDomains; preload' always;

}

Интересное решение, очень интересное, а теперь рассказывай, что такое root /home/$domainL3/$domainL4; и почему именно так?

если у вас пока что нет php то вам подойдет вот такой try_files location / { # First attempt to serve request as file, then # as directory, then fall back to displaying a 404. try_files $uri $uri/ /index.html =404; }