может все открытые порты занимает для соединений?
Вообще, как вариант, отключить все регламенты у MSSQL и буквально несколько часов понаблюдать за системой. Может что-то криво настроено?
кстати, у 1С закончилась акция, когда временные лицензии выдавали?
А какова нагрузка пользователями? Что за конфигурация?
а надо их объединять?