Марк, зочем тебе 1С? Ты же вроде года 4 назад системным программированием занимался?)
Разве в случае заражения сервера не является правильным его уничтожение и повторное развёртывание? Всего ведь вылечить и увидеть нельзя.
А, то есть уже на копии заражённого сервера ковыряетесь, выясняя причину?)