а что натолкнуло делать периодическую перезапись файла? бэкапы ж скорее про историю версий, нет?
Правка -> Специальная вставка -> Вставить JSON как классы не походит?
а почему бы тупо не пройтись по строке ручками, без всяких регулярок?
посмотреть список загруженных сборок?
набор свойств может отличаться?
1 проход по строке - квадрат?
чем \r\n не сепаратор?