Да, можно было суммировать остальные компоненты вклок и складывать в vclock id 0. Только это на уровне идеи. У тебя помимо vclock_sum есть покомпонентное сравнение вклоков, ко...
А box.info.synchro.quorum 1?
Возможно, replication_connect_timeout маленький? Попробуйте поднять