А какой вобще смысл хранить файлы в бд? Что бы их раздать придётся из БД читать, а так их nginx может сразу отдавать
Пробовали под рутом: echo -1000 > /proc/<PID_Mongo>/oom_score_adj и может попробовать добавить swap?
Если всё тоже самое применить к полю с датой не будет тех же самых "плюс несколько минут"?
Может просто поднять еще одну монгу с этой папкой и взять оттуда нужный документ?
https://mongoplayground.net/p/0Q1PiIygMhj Так?
а что у Вас в переменной file?