В docker volumes может что завалялось? В логах (/var/log/....) тоже проверьте. Ну в общем случае могу только посоветовать в корне набрать sudo du -sh * и подождать (это долг...
Что говорит apt-get autoremove - может старые ядра накопились Содержимое /tmp проверяли? docker image ls что кажет?
Похоже, что-то с сетью у вас или у вашего провайдера Что кажут curl и traceroute до этого адреса?
может ТТК маршрут к Я.Облаку потерял?