$App->Post('/Custom', function (Request $request) use ($app) {

$data = array(
'type' => $request->request->get('type'),
);

$controller = null;

switch ($data['type']) {
case 'post':
$controller = (new \Bot\Controller\PostController())->indexAction();
break;
case 'message':
$controller = (new \Bot\Controller\MessageController())->indexAction();
break;
default:
die();
}

return $controller;

})->before(function (Request $request) {
if (0 === strpos($request->headers->get('Content-Type'), 'application/json')) {
$data = json_decode($request->getContent(), true);
$request->request->replace(is_array($data) ? $data : array());
}
});

А есть ли более универсальный способ?

зачем тебе вообще контроллеры тут? Какой контроллер должен обработать запрос ты можешь описать в роуте. А внутри этого контроллера выбрать сервис который должен что то сделать с запросом и вернуть результат