/Var/Db/ - это директория у FreeBSD?

Да это freebsd. По сути он ругается на не возможность создать файл в /var/db/mysql как я писал выше.

Есть статья на сайте mySQL, Что-то типа installation from binary distribution, там подробно всё это изложено

С этим разобрался. Теперь при запросе alter table import... Теряет соединение. Нужно увеличить время ожидания?

Нет, нужно настраивать сеть

Это все на одном сервере. Error 2013

Сеть работает и на одном хосте тоже

ERROR 2013 (HY000): Lost connection to MySQL server during query

Смотри в лог, может сервер и упал

Нет он реботает service mysql-server status показывает, что он активен

В лог всё равно посмотри

2023-11-08T03:11:37.6NZ mysqld_safe mysqld restarted 2023-11-08T03:11:38.022099Z 0 [System] [MY-010116] [Server] /usr/local/libexec/mysqld (mysqld 8.0.33) starting as process 12062 2023-11-08T03:11:38.024204Z 0 [Warning] [MY-013242] [Server] --character-set-server: 'utf8' is currently an alias for the character set UTF8MB3, but will be an alias for UTF8MB4 in a future release. Please consider using UTF8MB4 in order to be unambiguous. 2023-11-08T03:11:38.024219Z 0 [Warning] [MY-013244] [Server] --collation-server: 'utf8mb3_general_ci' is a collation of the deprecated character set UTF8MB3. Please consider using UTF8MB4 with an appropriate collation instead. 2023-11-08T03:11:38.024871Z 0 [Warning] [MY-010156] [Server] Although a path was specified for the --slow-query-log-file option, log tables are used. To enable logging to files use the --log-output=file option. 2023-11-08T03:11:38.053479Z 1 [System] [MY-013576] [InnoDB] InnoDB initialization has started.

Тут ошибок нет

Ну тогда что же еще:)

Это не весь лог...