Здравствуйте, подскажите, пожалуйста как сделать в гите так, чтоб был проект,

а в нем папки под каждую ветку?

папкаПроекта:
папкаВетки1
папкаВетки2
...
папкаВетки6


учитывая, что в ветке 1 будет код, который надо замержить;
в ветке 2 будет код из ветки 1 + изменения (усовершенствование кода)
и т.д. до последней

в итоге на мастер должны быть замержены все ветки, чтобы последующая не затирала предыдущие.
спасибо!

В каждой делать гит инит и подключаться к удалённому репозиторию

У тебя изначально пустой мастер (не считая реадми и гитигнора) от него почкуешся новой веткой, в ней создаешь папку и делаешь свой проект, когда надо новый проект, чекаутишся на пустой мастер, от него почкуешся и создаешь другу папку, когда придет время мержить, то конфликтов не будет, если ты не будешь трогать файлы из мастера