Хочу в докере зафризить определенную версию проекта с гитхтаба. Как

это сделать?

Типа так:
git reset --hard 5ae9b4a1a0c7d9a2938e75aaf052ab078623066f ?

И подскажите пожалуйста как сделать это для другой директории. Например я сначала сделал

git clone https://github.com/Mikubill/sd-webui-controlnet.git /stable-diffusion-webui/extensions/sd-webui-controlnet

Как мне сделать git reset для репозитория в директории /stable-diffusion-webui/extensions/sd-webui-controlnet?

Без cd в директорию, разумеется

А почему без cd? Почему не вариант cd ...; git reset...; cd -?

Плотому что в докере делаю

И что?

Вы git clone прямо в докере запускаете? Так, конечно, можно, но вообще обычно делается наоборот, контейнер содержит определённую версию кода из репозитория, вы даже можете тег на основе хеша коммита ставить. Но это уже не тема этого чата, лучше спросить в @docker_ru или @ru_docker, или заглянуть документацию докера и ответы на SO

Возможно, тебе поможет worktree git worktree --help