Есть вероятность, что нужно будет ещё так забирать правки из

того репо?

Вообще ребейз тут как раз я бы не советовал делать, а как раз чистый мерж.
То есть подключить к вашему репо тот чистый репозиторий новым ремоутом. И замержить к себе.
Там будет по идее ад из конфликтов, можно попробовать посмотреть, что за конфликты, если нет каких-то бесполезных, то поразрешать. Если есть конфликты в файлах, которые например одинаковые, но все равно конфликтуют. Или различаются одной строчкой, но конфликтуют целиком, то можно погуглить может какими-то флагами можно этого избежать.

В любом случае это звучит очень запарно.

Ещё потенциальный вариант, который вы возможно и пробовали
Ваш репозиторий же был создан копипастой файлов с того чистого репозитория?
Можно в теории попытаться ребейзнуть прямо со следующего коммита после копипасты (проигнорировав тот первый коммит) прямо на тот коммит, с которого копипастилось. Потом новые правки, которые там появились замержить в вашу ветку. Но если там в самом начале уже есть какие-то расхождения, то будет ещё больше конфликтов чем в первом кейсе. Но если все ок, то история придет в тот вид кокой был бы, если бы вы сразу сделали форк. И дальше мержить будет проще.

Но это все прям вообще теория, я такого никогда не проделывал.

Еще раз так точно придется. Это как ветку апдейтить. Хорошо, я учту, спасибо.