Нет, не нужно дублировать их между списками. Я не очень

понимаю, что это за терминальные команды, но приведу на примере который мне проще представить.
К примеру у нас есть набор очень прямолинейных телеграммных ботов, которые обрабатывают команды и на каждую команду дают какой-то посчитанный ответ (то есть не хранят состояние).
По какой-то причине у ботов есть повторяющиеся команды, которые мы хотим вынести.
Тогда мы выносим код обработки этих команд в сабмодуль, а в каждом приложении сохраняем список уникальных команд.
При обработке команд мы смотрим сначала в локальном списке, а потом в списке сабодуля.

Если есть команды, которые повторяются не во всех проектах, то можно хранить в сабмодуле все команды, которые могут повториться, а в каждом проекте точно так же хранить код обработки команд специфичных только для этого проекта, но так же хранить список команд (список идентификаторов), которые мы разрешаем вызывать из сабмодуля. Перед вызовом команды из сабмодуля, проверят что такая команда есть в списке.

Если все команды могут повторяться, то хранить все команды в сабмодуле.

Ещё этот механизм со списком вынести в тот же сабмодуль, чтобы в каждом проекте только список был.

Чем ваш вариант отличается?

ну все правильно. Вам не кажется этот вариант избыточным? Создавать два файла просто чтобы разделить функционал для субмодуля и для файлов с изменениями? Не создаст ли это лишние зависимости, как вы говорили "При обработке команд мы смотрим сначала в локальном списке, а потом в списке сабодуля."?