Можно ли записать Shape Key на обьект к которому применен

модификатор деформации?

записать можно но применить модификатор при наличии shape keys будет невозможно

Тоесть сперва применяю модификаторы, потом ставлю Shape Key? Мне просто кажется, что эти ключи пустые, при отмене модификатора, геометрия возвращается в исходное состояние

Ну тут проблема как я понимаю что сама по себе доформация мэша с деформ модификатором, даёт возможность менять только исходный мэш. Тут все зависит от того что вы хотите. Я бы советовал просто создать файл отдельный чтобы ничего не сломать и попробовать сделать то что вы хотите и спланировать уже действия. Ограничений о которых вы спрашивали нет. Записать можно вопрос только в лому это ли вам нужно

Вот простой тест, который мне бы здорово помог. Простая деформация, ключей формы нет пока, хочется все это записать в Shape Key сохранив наложенный модификатор

вот записал Вам шейпы, можете поиграться и поменять как-то чтобы понять как это работает

извините не так вас понял