На сцену инстансится объект, в методе Instantiate() указываются нулевые координаты. Объект

сразу деактивируется, и неизвестно в каких координатах будет активирован.
На объекте есть скрипт NavMeshAgent.

Спавн:
Затем в нужный момент отключается управление агента:
_agent.updatePosition = false;
Задаются следующие координаты агента:
_agent.nextPosition = position;
трансформу объекта выставляются нужные координаты на поверхности NavMesh.
Объект активируется. Включается управление NavMeshAgent:
_agent.updatePosition = true;
И после активации объект прыгает в нулевые координаты.

Тест:
Если для теста заинстансить объект сразу указывая в методе Instantiate() нужные координаты, то подобного не происходит.

В чем может быть проблема, и как сделать чтобы при спавне объект не прыгал в изначальные координаты спавна?

Попробуй warp навмеш в нужные координаты

Попробую 👍