Т.Е это приходит только с опытом?

Эту фразу можно приплести абсолютно к чему угодно. Каждый проект имеет свою философию и не всегда подходит "Best Practice". Если говорить обобщено, то есть смысл его добавлять там, где происходят основы расчетов, как я привела пример контроллер персонажа это считай класс сборщик. Хотя я говорю лично по своему опыту. Я просто использую свою архитектуру на модулях

А как МБ грузят проект? В интернете не очень много информации

насколько я понимаю они по умолчанию тащат кучу методов с собой юнитиковских

Ну Юнити же когда начинает крутить весь свой цикл, он начинает прогонять все Update, OnEnable и дофига чего ещё каждого класса с МВ. Люди даже делают единственный класс с МВ, но ничего хорошего из этого нет. Все таки Юнити сама умеет распоряжаться, а когда все в куче, там нужно самому следить за тем, кто и как должен.

А если у меня в этих МВ нет апдейтов? Если там минимум юнити методов есть? Все равно это плохо?

так а откуда юнити знает есть они там или нет?

Честно говоря я точно не знаю как работает в данном случае Юнити, возможно он их один фиг вызывает что всего вероятно так и есть

Ну вот что-за класс у тебя такой, что есть методы Юнити, но без Update

пулер мобов у меня такой и ещё вроде что-то было

Ну старт простой , например. Он дисейбл он энейбл