Ну сделай разные файлы
а причем здесь tailwind, тебе скорее всего вот сюда: https://laravel-mix.com/ и если уж совсем углубляться, то вот сюда: https://webpack.js.org/
tailwind же собирается файлы по своему конфигу, вот я и думаю мб там где-то настроить надо. Я то делаю require из webpack.mix.js как раз по этой конфигурации
Ну сделай две папки с разными конфигами
https://laravel-mix.com/extensions/tailwindcss
вот еще когда нужно делать разные сборки и manifest заполнять https://laravel-mix.com/extensions/merge-manifest
Обсуждают сегодня