Подскажите пожалуйста, сейчас я связываю классы в самой простой программке

вот так:
public class Main {
public static void main(String[] args) {
MyInterface myInterface = new MyInterface();
Controller controller = new Controller(myInterface);
Service service = new Service(controller);

myInterface.setMenu();
controller.setContronllingMenu();
service.test();
}
}
Экземпляры каждого класса, если нужно, передаю через конструкторы, вот пример:
public class Controller {
private final MyInterface myInterface;
AnswerVariants ans = AnswerVariants.DEFAULT;

public Controller(MyInterface myInterface){
this.myInterface = myInterface;
}

private void controllingMenu(){
String answer = myInterface.getAnswer();

switch (answer){
case "1", "Начать игру" -> ans = AnswerVariants.START_GAME;
case "2", "Выход из игры" -> ans = AnswerVariants.END_GAME;
}
}

public void setContronllingMenu(){
controllingMenu();
}

public AnswerVariants getAnswer(){
return ans;
}
}
Вопросы следующие:
1) В крупных приложениях тоже создают множество экземпляров классов через new или есть способ связать классы более "хорошим" способом?
MyInterface myInterface = new MyInterface();
Controller controller = new Controller(myInterface);
Service service = new Service(controller);
2) Опять же, если по-уму, то правильно ли то, что я вызываю нужные мне методы в main, или нужно делать это через классы, чтобы метод вызывался только тогда, когда он нужен другому методу?
myInterface.setMenu();
controller.setContronllingMenu();
service.test();

1) в твоём случае чувствуется пробел в применении шаблонов проектирования, плюс букв S, I - из SOLID извини за абстрактный ответ. Если конкретно, то расписывать модно очень долго. Как минимум надо продумывать структуру модулей и их обязанности, а дальше заворачивать в них функционал. часто используется DI. если нет его, то контролируется из входной точки приложения, но экземпляры в достаточных и минимальных количествах подготавливаются и отдаются на спуск по иерархии ниже. 2 ) опять же, коду не хватает логического разделения обязанностей. но для небольшого приложения, ничего плохого в этом нет. не стоит упарываться в оверинжиниринг

вроде для этого придумали спринг, особенно если у тебя много бинов

у него не микросервис.

И?

не стоит везде пихать spring

Как вариант еще почитать, про service locator