Select case when DATEPART(hh,a.[Entry DateTime]) < 9

then cast( DATEADD(day, -1, a.[Entry DateTime]) as date)
else cast(a.[Entry DateTime] as date) end as [Start Date of Shift],

case when DATEPART(hh, a.[Entry DateTime]) >= 9 and DATEPART(hh, a.[Entry DateTime]) < 21 then 'день'

else 'ночь' end as [Shift],

cast(a.[Entry DateTime] as date) as [Entry Date],

DATEPART(hh, a.[Entry DateTime]) as [Entry HH],

a.[User ID],

a.[Item No.] ,

--item.[Наименование] as [Товар],
item.[Код Товар Клас. Группа],

item.[Товар Клас. Группа],

item.[Категория Demandtec],

a.[Quantity]as [Кол-во],

a.[Quantity]*item.Вес1ед as [Тоннаж (кг)],

round(item.Вес1ед,3) as [W unit],

a.[Unit of Measure Code] as [Unit],

case when item.[Баз. Единица Измерения]='ШТ' then
case when item.[Среднее кол-во баз. упаковки] < 2 then 1 else item.[Среднее кол-во баз. упаковки] end
else item.[Среднее кол-во баз. упаковки] end as [кратн уп],

case when item.[Баз. Единица Измерения]='ШТ' then
case when item.[Среднее кол-во баз. упаковки] < 2 then 1 else item.[Среднее кол-во баз. упаковки] end * item.[Средний вес]
else item.[Среднее кол-во баз. упаковки] * 1000 end as [вес уп],

case when item.[Баз. Единица Измерения]='ШТ'
then ceiling (a.[Quantity]/case when item.[Среднее кол-во баз. упаковки] < 2 then 1 else item.[Среднее кол-во баз. упаковки] end)
else case when a.[Quantity] < 0 then -1 else 1 end
end as [Кол-во отч] ,
case when a.[Quantity] <0 then -1 else 1 end as pick



FROM [FK_TAL].[dbo].[Entry] as a with(nolock)--ent
left join [FK_TAL].[dbo].[Item] as item with(nolock) on item.[Но.]=a.[Item No.] --it

where 1=1
and a.[Location Code] = 'ДВТЛ41_ГП' --'ДВ77_ЦП_ГП'
and a.[Zone Code] in ('F', 'G', 'E') -- ('A', 'B', 'L', 'L2', 'L3')
and a.[Entry Type] = '2'
and cast(a.[Entry DateTime] as datetime) between @dtStart +cast(cast('9:00'as time) as datetime) and @dtEnd +cast(cast('8:59:59:999' as time) as datetime)

Подскажите пожлайста где здесь могут формироваться дубли ? если в самой entry и item нет дублей

убирайте таблицы из запроса по одной, и увидите какая дает дубли