хранится проект и виртуальное окружение или на саму папку с проектом и приложениями?
Это зависит от потребностей. Обычно это делают в директории в которой лежит файл manage.py
Вот у меня также сделано. А как с venv быть если потом клонировать репу?
Обсуждают сегодня