внешними ключами?
Если без даунтайма, то наверное через реплику имеет смысл. Делаем alter на реплике, ждём когда догонит, меняем местами реплику и мастер. Но тут конечно не мало нюансов. Нужно, чтобы запросы нормально проходили из мастера в реплику после альтера и тому подобное
https://m.habr.com/ru/company/badoo/blog/433730/ Вот тут в разделе изменение схемы, из баду делятся как они это делали.
https://www.percona.com/doc/percona-toolkit/LATEST/pt-online-schema-change.html
Обсуждают сегодня