Вопрос по поддержке R на кластере, когда нужны разные версии.

Question

Вопрос по поддержке R на кластере, когда нужны разные версии.

У нас в исследовательском центре есть кластер, на котором удаленно работают юзеры, в том числе с R. Возник вопрос, как лучше сделать так, чтобы могли стабильно работать разные версии R с разными наборами дефолтных пакетов для обычных юзеров и при этом дать возможность продвинутым юзерам ставить свое. С самим R проблем особо нет, используются модули (https://modules.readthedocs.io/en/latest/index.html). Вопрос в основном про пакеты. Из текущих вариантов - packrat (но он поддерживает только сами пакеты, соответственно, возникает проблема с зависимостями от внешних библиотек), Anaconda (в теории ничего, на практике у меня были проблемы с компиляцией пакетов при установке через конду), подключение папки с нужными предустановленными пакетами через R_LIBS_SITE задаваемую загрузкой модуля (схоже с packrat, сами пакеты ок, но проблема с зависимостями от внешних библиотек). Был ли у кого-то опыт решения схожей проблемы?

#programming #r #russian

0

07.09.2021

2 ответов

23 просмотра

Evgenii Kalenkovich

Можно еще установить R нужных версий с помощью conda, а для пакетов R использовать уже packrat/renv. Специфики кластеров не знаю, но на компьютерах с многими пользователями именно так делаю (да и на личных тоже).

0

07.09.2021

Ilya Shutov · Accepted Answer

Ilya Shutov

если в бесплатном варианте, то docker-ы на разные релизы R + renv на проект решают задачу.

0

07.09.2021

169 похожих чатов

Вопрос по поддержке R на кластере, когда нужны разные версии.

2 ответов

Похожие вопросы