А к спору питон-Р, есть кто-то из области биоинформатики? Р

sql, git, docker туда же. Без шуток, это всё очень не помешает специалисту по работе с данными. Хотя для биоинформатика лучше всё-таки domain specific knowledge

0

19.07.2021

Georgii Ozhegov Автор вопроса

Mr.britva
А если ещё раз подумать?) Знать и пистуна и R для ...

О, баш с его awk и sed-ми это тема, нифига не понятно, но интересно)

0

19.07.2021

Dm Kb

Georgii Ozhegov
Не пугайте маленького биолога

я свой рейтинг напишу по поводу быстрого эффекта от изучения. Считаю, что быстрый эффект - это важная такая категория для мотивации. 1. excel - результаты через день-другой 2. SPSS - результаты через неделю 3. R tidyverse - результаты через месяц 4. Python и R data.table - результаты через пару месяцев 5. Base R - результаты через 4 и более месяцев

0

19.07.2021

Mr.britva

Дмитрий Володин
sql, git, docker туда же. Без шуток, это всё очень...

Практически во всех областях биоинформатики солидная часть софта/пакетов написана на этих языках. Баш нужен для общения с машиной

0

19.07.2021

Georgii Ozhegov Автор вопроса

Dm Kb
я свой рейтинг напишу по поводу быстрого эффекта о...

Спасибо) Как раз по этому критерию начал Р, а не питон учить, какие-то картинки в ггплот через неделю можно делать начать)

0

19.07.2021

Dm Kb

Georgii Ozhegov
Спасибо) Как раз по этому критерию начал Р, а не п...

если честно, то я влюбился в R из-за ggplot, красивые и качественные графики - это то, что лично меня вдохновляет, а окружающих убеждает в моих идеях и гипотезах

0

19.07.2021

Stas

Mr.britva
А если ещё раз подумать?) Знать и пистуна и R для ...

с «пистун»-а чёт орнул

0

19.07.2021

Ed P

насколько я помню, как раз для биоинформатики написана целая куча тулов в R. Эти тулы в итогде эволюционировали настолько, что отпочковались в Bioconductor - вот буквально отдельный репозиторий, живущий параллельно с CRAN-ом. Не знаю, есть ли что-то подобное на питоне.

0

19.07.2021

Evgenii Kalenkovich

Ed P
насколько я помню, как раз для биоинформатики напи...

Bioconda есть.

0

19.07.2021

Ed P

Evgenii Kalenkovich
Bioconda есть.

Первый раз о таком слышу, но вот забавно, в биоконде есть куча биокондукторовских пакетов: https://bioconda.github.io/recipes/bioconductor-biobase/README.html#package-bioconductor-biobase при этом ссылка на исходники ведет на сайт биокондуктора, где примеры на R. Я пытаюсь понять, это в Питоне обернули R-овские пакеты или их и правда переписывали :)))

0

19.07.2021

Evgenii Kalenkovich

Ed P
Первый раз о таком слышу, но вот забавно, в биокон...

Процентов на 95 уверен, что обертки, чтобы через конду можно было устанавливать. Интересно посмотреть на доли языков в bioconda.

0

19.07.2021

Philipp Upravitelev

Evgenii Kalenkovich
Процентов на 95 уверен, что обертки, чтобы через к...

https://github.com/bioconda

0

19.07.2021

Ed P

Evgenii Kalenkovich
Процентов на 95 уверен, что обертки, чтобы через к...

Я нормальных беджиков с языками и процентами что-то не нашел, вижу только в доках несколько упоминаний: https://bioconda.github.io/contributor/guidelines.html

0

19.07.2021

kablag

Для биоинформатики есть смысл знать и то и другое. По крайней мере уверенно понимать написанное другими.

0

19.07.2021

Dmitry Penzar

Mr.britva
А если ещё раз подумать?) Знать и пистуна и R для ...

+++

0

19.07.2021

Dmitry Penzar