169 похожих чатов

Коллеги, доброго дня. Подскажите, кто занимался анализом данных с GEO

microarray? как данные нормализовываете? в зависимости от платформы - разные методы?

5 ответов

4 просмотра

Делал анализ с микроэррей пептидных микрочипов, нормализация квантильная, либо по медиане. Log2 это просто приведение к логарифмической шкале.

Anton-Pushkin Автор вопроса
Alexei
Делал анализ с микроэррей пептидных микрочипов, но...

Понял, это универсальные подходы? В смысле, я тут микрорнк данные соскребаю. Причем с двух разных платформ. И с одной платформы в матрице есть отрицательные значения

Anton Pushkin
Понял, это универсальные подходы? В смысле, я тут ...

Эти методы нормализации рекомендованы для методов обработки данных в том числе экспрессии генов, иммуносигнатуры и проч. в составе пакетов bioconductor.

Использую Robust Multichip Average (RMA). https://felixfan.github.io/RMA-Normalization-Microarray/ https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/gcrma.html

Похожие вопросы

Обсуждают сегодня

Какой-то там пердун в 90-х решил, что есть какая-то разная типизация. Кого вообще это волнует?
КТ315
49
void terminal_scroll() { memmove(terminal_buffer, terminal_buffer + VGA_WIDTH, buffer_size - VGA_WIDTH); memset(terminal_buffer + buffer_size - VGA_WIDTH, 0, VGA_WIDTH); ...
Егор
47
Всем привет! Подскажите, пожалуйста, в чем ошибка? Настраиваю подключение к MySQL. Либы лежат рядом с exe. Все как по "учебнику"
Евгений
16
А можете как-то проверить меня по знаниям по ассемблеру?
A A
132
Здравствуйте! У меня появилась возможность купить книгу "Изучай Haskell во имя добра!". Но я где-то слышал, что эта книга устарела. Насколько это правда??
E
22
Здравствуйте! Я вот на stepic решаю задачи на хаскеле https://stepik.org/lesson/8443/step/8?unit=1578 мой код import Data.List (isInfixOf) removing :: String -> [String] ->...
E
10
Камрады, кто тесно работал с vtv, хотел уточнить. Ширина column задаётся жёстко на этапе создания дерева или можно в рантайме ее менять программно (не мышкой)?
Ed Doc
10
да ладно ... что там неочевидного ? глянуть в исх-ки датасета и/или кверика чтобы понять в каком месте и как выполняется обращения к св-вам blablaSQL - минутное дело, даже е...
Сергей
7
Здесь для arm кто-нибудь кодит ?
Nothing
52
Всем привет, у меня есть сервер принимающий входящие HTTP подключения, как проверить, что подключение было через прокси или нет, есть какие то поля в заголовках по которым мо...
DS
8
Карта сайта