169 похожих чатов

Коллеги, доброго дня. Подскажите, кто занимался анализом данных с GEO

microarray? как данные нормализовываете? в зависимости от платформы - разные методы?

5 ответов

6 просмотров

Делал анализ с микроэррей пептидных микрочипов, нормализация квантильная, либо по медиане. Log2 это просто приведение к логарифмической шкале.

Anton-Pushkin Автор вопроса
Alexei
Делал анализ с микроэррей пептидных микрочипов, но...

Понял, это универсальные подходы? В смысле, я тут микрорнк данные соскребаю. Причем с двух разных платформ. И с одной платформы в матрице есть отрицательные значения

Anton Pushkin
Понял, это универсальные подходы? В смысле, я тут ...

Эти методы нормализации рекомендованы для методов обработки данных в том числе экспрессии генов, иммуносигнатуры и проч. в составе пакетов bioconductor.

Использую Robust Multichip Average (RMA). https://felixfan.github.io/RMA-Normalization-Microarray/ https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/gcrma.html

Похожие вопросы

Обсуждают сегодня

Господа, а что сейчас вообще с рынком труда на делфи происходит? Какова ситуация?
Rꙮman Yankꙮvsky
29
А вообще, что может смущать в самой Julia - бы сказал, что нет единого стандартного подхода по многим моментам, поэтому многое выглядит как "хаки" и произвол. Короче говоря, с...
Viktor G.
2
30500 за редактор? )
Владимир
47
а через ESC-код ?
Alexey Kulakov
29
Чёт не понял, я ж правильной функцией воспользовался чтобы вывести отладочную информацию? но что-то она не ловится
notme
18
У меня есть функция где происходит это: write_bit(buffer, 1); write_bit(buffer, 0); write_bit(buffer, 1); write_bit(buffer, 1); write_bit(buffer, 1); w...
~
14
Добрый день! Скажите пожалуйста, а какие программы вы бы рекомендовали написать для того, чтобы научиться управлять памятью? Можно написать динамический массив, можно связный ...
Филипп
7
Недавно Google Project Zero нашёл багу в SQLite с помощью LLM, о чём достаточно было шумно в определённых интернетах, которые сопровождались рассказами, что скоро всех "ибешни...
Alex Sherbakov
5
Ребят в СИ можно реализовать ООП?
Николай
33
https://github.com/erlang/otp/blob/OTP-27.1/lib/kernel/src/logger_h_common.erl#L174 https://github.com/erlang/otp/blob/OTP-27.1/lib/kernel/src/logger_olp.erl#L76 15 лет назад...
Maksim Lapshin
20
Карта сайта