microarray? как данные нормализовываете? в зависимости от платформы - разные методы?
Делал анализ с микроэррей пептидных микрочипов, нормализация квантильная, либо по медиане. Log2 это просто приведение к логарифмической шкале.
Понял, это универсальные подходы? В смысле, я тут микрорнк данные соскребаю. Причем с двух разных платформ. И с одной платформы в матрице есть отрицательные значения
Эти методы нормализации рекомендованы для методов обработки данных в том числе экспрессии генов, иммуносигнатуры и проч. в составе пакетов bioconductor.
Использую Robust Multichip Average (RMA). https://felixfan.github.io/RMA-Normalization-Microarray/ https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/gcrma.html
Обсуждают сегодня