систему и мк смог прошивать сам себя из нее?
Посмотри примеры boot (в том числе secure boot) - там есть такой функционал.
https://github.com/namezis/stm32-bootloader-1
в cube есть: STM32Cube_FW_F4_V1.25.0/Projects/STM32469I-Discovery/Applications/USB_Host/FWupgrade_Standalone/
Обсуждают сегодня