Например в корне второго сайта много папок которые относятся к нему и важные
Сделайте 2 репозитория в одном вы работаете с одним сайтом и в gitignore этого репозитория все папки и файлы второго сайта, а во втором репозитории наоборот.
Обсуждают сегодня