если один из маркеров на ваших клетках не экспрессируется? Не очень понимаю что с чем в этом случае компенсировалось?
Екатерина, спасибо! Это общее место при фенотипировании, когда заранее известно, что нужная популяция клеток является негативной по определнному маркеру, и позитивной по ряду других. При этом нам необходимо скомпенсировать засвет флюорохромов, имеющих перекрывающиеся спектры. При настройке компенсаций для негативного маркера я использовала бидсы, для остальных - клетки.
Спасибо за уточнение. Негативный маркер - негативный для всех популяций образца? Фраза "все рецепторы находятся на одной клетке" относится к паре флуорохромов, один из которых гораздо ярче проявляется в одиночном окрашивании, чем в многоцветном?
Тогда из общих соображений, настраивая компенсацию по бидзам, которые очевидно имеют гораздо большую флуоресценцию, чем образец, вы кажется "убили" часть сигнала в целевом канале. Т. е. перекомпенсация как она есть
Екатерина, спасибо! Как бы Вы работали?
Сложно ответить на ваш вопрос однозначно - зависит от ваших задач, количества флуорохромов, их сочетания на популяциях, яркости, свойств прибора итд итп. Но обязательную компенсацию по отдельным флуорохромам я очень давно не делаю (матрицу корректирую вручную, обычно этого достаточно). Использую в основном FMO, negative control и изредка какое-то новое/незнакомое антитело в сингл-формате, чтобы знать, что от него ожидать Но я не настаиваю на том, что мой способ верный :) можно написать мне в ЛС, чтобы здесь не флудить
Мы тоже, как правило, делаем ФМО контроли и компенсацию настраиваем на клетках, а не на бидах (последние, как правило, светятся существенно ярче).
Обсуждают сегодня