А можно наверное глупый вопрос: как вы делали многоцветное окрашивание,

Question

Go with the Flow

Kate Bryushkova

А можно наверное глупый вопрос: как вы делали многоцветное окрашивание,

если один из маркеров на ваших клетках не экспрессируется? Не очень понимаю что с чем в этом случае компенсировалось?

0

27.03.2024

7 ответов

29 просмотров

Kate Bryushkova Автор вопроса

Elena Sazonova
Екатерина, спасибо! Это общее место при фенотипир...

Спасибо за уточнение. Негативный маркер - негативный для всех популяций образца? Фраза "все рецепторы находятся на одной клетке" относится к паре флуорохромов, один из которых гораздо ярче проявляется в одиночном окрашивании, чем в многоцветном?

0

7 месяцев назад

Elena Sazonova

Kate Bryushkova
Спасибо за уточнение. Негативный маркер - негативн...

Да, верно.

0

7 месяцев назад

Kate Bryushkova Автор вопроса

Elena Sazonova
Да, верно.

Тогда из общих соображений, настраивая компенсацию по бидзам, которые очевидно имеют гораздо большую флуоресценцию, чем образец, вы кажется "убили" часть сигнала в целевом канале. Т. е. перекомпенсация как она есть

0

7 месяцев назад

Elena Sazonova

Kate Bryushkova
Тогда из общих соображений, настраивая компенсацию...

Екатерина, спасибо! Как бы Вы работали?

0

7 месяцев назад

Kate Bryushkova Автор вопроса

Elena Sazonova
Екатерина, спасибо! Как бы Вы работали?

Сложно ответить на ваш вопрос однозначно - зависит от ваших задач, количества флуорохромов, их сочетания на популяциях, яркости, свойств прибора итд итп. Но обязательную компенсацию по отдельным флуорохромам я очень давно не делаю (матрицу корректирую вручную, обычно этого достаточно). Использую в основном FMO, negative control и изредка какое-то новое/незнакомое антитело в сингл-формате, чтобы знать, что от него ожидать Но я не настаиваю на том, что мой способ верный :) можно написать мне в ЛС, чтобы здесь не флудить

0

7 месяцев назад

Violet

Elena Sazonova
Екатерина, спасибо! Как бы Вы работали?

Мы тоже, как правило, делаем ФМО контроли и компенсацию настраиваем на клетках, а не на бидах (последние, как правило, светятся существенно ярче).

0

7 месяцев назад

Elena Sazonova · Accepted Answer

Екатерина, спасибо! Это общее место при фенотипировании, когда заранее известно, что нужная популяция клеток является негативной по определнному маркеру, и позитивной по ряду других. При этом нам необходимо скомпенсировать засвет флюорохромов, имеющих перекрывающиеся спектры. При настройке компенсаций для негативного маркера я использовала бидсы, для остальных - клетки.

Похожие чаты

А можно наверное глупый вопрос: как вы делали многоцветное окрашивание,

7 ответов

Похожие вопросы