Ребят, у кого-нибудь есть лайфхаки, как выделить ДНК (бактерии/вирусы) с

Question

Science FYI

Aisylu

Ребят, у кого-нибудь есть лайфхаки, как выделить ДНК (бактерии/вирусы) с

минимальными разрывами молекул?

0

11.11.2023

13 ответов

31 просмотр

Aisylu Автор вопроса

Arteys Minin
https://t.me/+-xhwYf0ltyk1Yjli

Спасибо! Спрошу там тоже:) Мне из бактериофагов, но думаю, протокол не сильно отличается от кишпалки. Подозреваю, что секреты успешной подготовки ДНК знают нанопорщики🤔

0

11.11.2023

Кирилл

Aisylu
Спасибо! Спрошу там тоже:) Мне из бактериофагов, н...

Для бактериофагов купите киты от norgen biotek

0

11.11.2023

Ilya Flyamer

Aisylu
Спасибо! Спрошу там тоже:) Мне из бактериофагов, н...

Да, я бы смотрел протоколы подготовки образцов для нанопора

0

11.11.2023

Aisylu Автор вопроса

Кирилл
Для бактериофагов купите киты от norgen biotek

Спасибо! А elution во что лучше делать? У нас по старой привычке делается в nuclease-free water. Нужно ли менять на какой-нибудь буфер, имеет ли большое значение pH на сохранность материала?

0

11.11.2023

Кирилл

Aisylu
Спасибо! А elution во что лучше делать? У нас по с...

В Ките идет буфер в комплекте

0

11.11.2023

Anatolii Zubritckii

Aisylu
Спасибо! Спрошу там тоже:) Мне из бактериофагов, н...

Протеаза без нуклеазной активности, потом мягонько спиртом посадить, элюировать в 1мМ Трис

0

11.11.2023

Aisylu Автор вопроса

Anatolii Zubritckii
Протеаза без нуклеазной активности, потом мягонько...

Спасибо, попробую так!

0

11.11.2023

Anatolii Zubritckii

Aisylu
Спасибо, попробую так!

Если бактериофаги из бактерий, то там стандартная преципитация PEG-NaCl, потом ДНКаза, потом фенол-хлороформ. Идея в том, чтобы избавиться от бактериальной ДНК, а потом просто все белки разом убрать в фенол.

0

11.11.2023

Aisylu Автор вопроса

Anatolii Zubritckii
Если бактериофаги из бактерий, то там стандартная ...

Протеазная обработка тоже включена в этот протокол, верно?

0

11.11.2023

Anatolii Zubritckii

Aisylu
Протеазная обработка тоже включена в этот протокол...

Если фенолить, то в принципе ДНК от белков хорошо диссоциирует. Главное не трясти на вортексе, не пипетировать агрессивно, носы с широким кончиком (или стандартные ножницами отрезать. Протеаза по идее может раньше уничтожить часть капсидов чем всю ДНКазу, будет обидно

0

11.11.2023

Anatolii Zubritckii

Aisylu
Протеазная обработка тоже включена в этот протокол...

И у вас в бесклеточной системе рестриктаз хозяйских не остается сулчайно?

0

11.11.2023

Aisylu Автор вопроса

Anatolii Zubritckii
И у вас в бесклеточной системе рестриктаз хозяйски...

Думаю, нет. У меня контроль с коммерческой ДНК Т7 работает нормально

0

11.11.2023