Похожие чаты

А ты этим занимаешься ?

15 ответов

22 просмотра

Да, это одно из направлений, которым я занимаюсь) Правда, не на дрозофиле, а на мыши и немножко крысе

Alexander-C Автор вопроса
Natalia
Да, это одно из направлений, которым я занимаюсь) ...

а есть какие-то вопросы которые близки к вопросам прояснения функций каких-то белков ? и что ты думаешь о применимости тут методов типа как то о чем эта статья и текущий каггл конкурс - то есть логика типа - есть разметка на каких-то генах, а мы ее хотим перенсти на другие гены - учим мл модель, что получилось то получилось

Alexander C
а есть какие-то вопросы которые близки к вопросам ...

Предсказание термина GO, на мой взгляд, не самая лучшая задача, потому что само по себе отнесение того или иного гена, например, к "long-term memory" у меня лично вызывает вопросы. Это могут быть гены, экспрессия которых меняется при обучении, либо гены, чей нокдаун влияет на поведение, как в этой статье, не знаю. И опять же в этой статье не было какого-то контроля. Например, взять какие-то гены, которые не относятся к "long-term memory", но из близкой группы, какие-нибудь синаптические белки, и проверить, влияют ли они на обучение.

Alexander C
а есть какие-то вопросы которые близки к вопросам ...

Предсказание функции у белков, функции которых неизвестны, наверно имеет смысл, но наверно это скорее для организмов, чей геном плохо изучен. Например, у нас коллеги изучают транскриптом нейронов улитки после обучения, и понятно, что там у кучи генов функции неизвестны. Ну и мыши по-прежнему есть гены, чья функция неизвестна, но насколько предсказание функции будет верным для таких белков, тоже непонятно

Alexander-C Автор вопроса
Natalia
Предсказание термина GO, на мой взгляд, не самая л...

в этом общая проблема этой задачи - больше 40 000 GO-термов, и про очень многие отнесение белка к той или иной категории или вызывает вопросы (и нет однозначной методики которая говорит да или нет) или очевидно и хорошо известно без всяких моделей... в этом проблема, поэтому я и пытаюсь понять есть ли какие-то биологически осмысленные вопросы на которые можно пытаться отвечать этими моделями в приведенной выше статье авторы кроме лонг терм мемори упоминали какие-то био-фильмы, и мотилити https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-1835-8 но не ясно где такие примеры еще брать, насколько они и кому актуальны

Биологический смысл может появиться, если вы сможете извлечь информацию, по каким признакам она сделала это предсказание, особенно если предсказание действительно оказалось хорошим.

Alexander-C Автор вопроса
Natalia
Биологический смысл может появиться, если вы сможе...

по каким признаком то понятно - сивенсы близки - функции близки, просто близость сиквенсов в хитром смысле может быть

Alexander C
по каким признаком то понятно - сивенсы близки - ф...

Вообще ни разу не очевидно, особенно в контексте GO. Я не видела список "long-term memory" , но вангую, что там находятся гены с очень разным сиквенсом.

Alexander-C Автор вопроса
Natalia
Вообще ни разу не очевидно, особенно в контексте G...

это да , я имел ввиду - что ты на мыши определила лонг-терм мемори гены - а дальше - условно - по близости сиквенсов переносим их на другие организмы

Alexander C
это да , я имел ввиду - что ты на мыши определила ...

Интересно, за счёт чего тогда выигрыш по сравнению с бластом?

Natalia
Интересно, за счёт чего тогда выигрыш по сравнению...

За счет профильных выравниваний был до сих пор

Olga Kalinina
За счет профильных выравниваний был до сих пор

А что такое профильные выравнивания? Можно хотя бы ссылкой

Alexander C
это да , я имел ввиду - что ты на мыши определила ...

"This is because sequence similarity-based methods such as BLAST tend to perform best when transferring basic biochemical annotations such as enzymatic activity. Functions in biological process, such as pathways, may not be as preserved by sequence similarity, hence the poor BLAST performance in BPO."

Natalia
А что такое профильные выравнивания? Можно хотя бы...

https://www.ebi.ac.uk/training/online/courses/protein-classification-intro-ebi-resources/what-are-protein-signatures/signature-types/what-are-profiles/

Похожие вопросы

Обсуждают сегодня

Ready for some fun AND a chance to win TKO Tokens? Join us for exciting minigames in our Telegram group! 🕒 Don’t miss out—games start on today 25 October 2024, at 8 PM! Ge...
Milkyway | Tokocrypto
255
Добрый вечер. Есть вопрос, а может и предложение. Был у меня диалог в другой группе о делфи и я задался вопросом: "А нельзя ли в делфи цвет //коментария и {комментария} сде...
Kraszx
24
How about the project bro Likes the community not that active ?
🅿️abby_FX
19
Всем привет! Подскажи, пожалуйста, как передать в TComboBox сразу значение и id записи. На Delphi я делал так: ComboBox1.Items.AddObject('Какое-то значение', Pointer(id запис...
Евгений
13
Мдя, прикол, боевая сборка запускается (именно под отладчиком) после F9 примерно полторы минуты (97 секунд если быть точным). Начал копать - проблема детектится сразу - зависа...
Александр (Rouse_) Багель
38
How are we going bro about the Raids ??
🅿️abby_FX
13
Россия стала ввозить сливочное масло из ОАЭ. Просто ради любопытства взглянул на статистику и впечатлился. У арабов среднестатистическая корова дает около 42 литров молока в д...
Foxcool
2
Здравствуйте, вопрос по структурам данных. Были у вас случаи, когда пришлось писать деревья или двунаправленные списки?
/ /
50
Товарищи, кто работа с iphelper? Или может я в самой логике ошибки фигачу, не пойму.... var ifTable : PMIB_IFTABLE; size, corSize: DWORD; Buffer ...
Warfarellen
4
я так понимаю, я так подозреваю, что создание такого плагина для человека, кто умеет писать плагины для делфи потребует минут 5-10 времени. но это мое подозрение. хотелось бы ...
Kraszx
7
Карта сайта