Уважаемые коллеги, а может кто-то поведать почему при съёмке рентгеноструктурными

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Уважаемые коллеги, а может кто-то поведать почему при съёмке рентгеноструктурными

методами протеинов такая большая погрешность? Вернее, почему понятно – Kα переходы, погрешность детектора и тд, но как можно пользоваться структурами с разрешением 2-3Å? Почему данные релевантны?

Я крайне не знаком с методами анализа протеинов, попрошу не кидаться тряпками.

0

17.07.2023

21 ответов

44 просмотра

Methylamine Автор вопроса

Egor Marin
>почему ... такая большая погрешность? потому что ...

А что скажете про ту же e-Cryo?

0

17.07.2023

Egor Marin

Methylamine
А что скажете про ту же e-Cryo?

отличный метод, всем рекомендую. софт гораздо более кайфовый чем в кристаллографии. вас что конкретно интересует?)

0

17.07.2023

Methylamine Автор вопроса

Egor Marin
отличный метод, всем рекомендую. софт гораздо боле...

А как с разрешающей способностью? Там де используются зачастую SEM?

0

17.07.2023

Egor Marin

Methylamine
А как с разрешающей способностью? Там де использую...

>А как с разрешающей способностью? в среднем скорее чуть-чуть пониже, т.е. типичные разрешения между 2.5 и 3 ангстремами для не супер больших объектов. Но такие большие объекты часто просто не получается кристаллизовать, так что прямого сравнения провести сложно. Кроме того, формально более низкое разрешение всё равно часто даёт довольно хорошо интерпретируемые карты, в отличие от кристаллографии.

0

17.07.2023

Methylamine Автор вопроса

Egor Marin
>А как с разрешающей способностью? в среднем скоре...

А можете порекомендовать ознакомительную литературу с методами анализа протеинов?

0

17.07.2023

Egor Marin

Methylamine
А можете порекомендовать ознакомительную литератур...

https://en.wikipedia.org/wiki/Structural_biology нормально описывает происходящее.

0

17.07.2023

Methylamine Автор вопроса

Egor Marin
https://en.wikipedia.org/wiki/Structural_biology н...

Спасибо Вам!

0

17.07.2023

Oleg K

Потому что любая структура белка это не просто интерпретация рентгеновских данных взятых самих по себе, а результат процесса оптимизации по многим параметрам. К параметрам относятся: рентгеновские данные, априорные рестрэйны (ограничения) на длины связей, углы, планарность и прочую стереохимию, на низком разрешении (менее 3 ангстрем) могут вводиться рестрэйны на вторичные структуры, межатомные расстояния взятые у гомологичных структур и тд. Процесс оптимизации называется рефайнментом.

0

17.07.2023

Methylamine Автор вопроса

Мне зав. Кафедры сегодня поведал про ЯМР-спектросеопию в расшифровке протеинов. Какое разрешение у данного метода?

0

17.07.2023

Oleg K

Methylamine
Мне зав. Кафедры сегодня поведал про ЯМР-спектросе...

Для ЯМР разрешение как таковое не релевантно - очень упрощенно, в результате эксперимента получаешь кучу межатомных расстояний, измеренных с различной точностью. И удачи в деконволюции этих расстояний в трехмерную структуру :)

0

17.07.2023

🧮 📗

Methylamine
Мне зав. Кафедры сегодня поведал про ЯМР-спектросе...

В ямр спектроскопии нет понятия разрешения Разрешение это насколько хорошо(детально) можно построить модель по рса данным А в ямр метод как бы чувствует ядра и фактически там во время работы определяется расстояние между разными атомами

0

17.07.2023

Oleg K

Methylamine
Мне зав. Кафедры сегодня поведал про ЯМР-спектросе...

Для микроскопии/диффракции разрешение имеет физический смысл - что-то типа границы, до которой наблюдается сигнал в обратном пространстве (пространстве Фурье).

0

17.07.2023

🧮 📗

Egor Marin
отличный метод, всем рекомендую. софт гораздо боле...

Хз мне в рса есть сср4 а в ем куча разных программ с которыми нужно страдать Ну ок 3 Но типа часто разные этапы лучше делать в разных программах А в рса все вместе собрано удобно

0

17.07.2023

Oleg K

🧮 📗
Хз мне в рса есть сср4 а в ем куча разных программ...

Правильно, только ССР4, никаких Фениксов ;)))

0

17.07.2023

🧮 📗

Egor Marin
>А как с разрешающей способностью? в среднем скоре...

Ну у рибосом сейчас в крио 1.5 а в рса 2.2) Поэтому как бы….

0

17.07.2023

Egor Marin

🧮 📗
Ну у рибосом сейчас в крио 1.5 а в рса 2.2) Поэто...

я умоляю вас прочитать второе предложение в моём сообщении.

0

17.07.2023

Methylamine Автор вопроса

🧮 📗
В ямр спектроскопии нет понятия разрешения Разреш...

Ну, мне сказали, что толком нет разрешения. Я не верно выразился, правда, моя ошибка. Сформулирую по-другому: "Насколько это достоверно? Насколько можно верить данным (лучше/хуже других методов)?"

0

17.07.2023

Oleg K

Methylamine
Ну, мне сказали, что толком нет разрешения. Я не в...

Это очень философский вопрос :))) в PDB огромное количество лажи, но это не потому что методы плохие, а потому что либо опыта/знаний/навыков у авторов структур мало, либо потому что хочется желаемое за действительное выдать. Методы все хорошие (в рамках своей области применимости), а вот отдельно взятый кусок отдельной структуры вполне может быть лажей. Тут только внимательно на детали и соответствующие индикаторы смотреть.

0

17.07.2023

Methylamine Автор вопроса

Oleg K
Это очень философский вопрос :))) в PDB огромное к...

Вот я просто не разбираюсь, потому интересно стало. Знаком только с курсом аналитической химии и методами в химическом применении) Благодарю. Аж целый отдел в биологии)

0

17.07.2023

Oleg K

Methylamine
Вот я просто не разбираюсь, потому интересно стало...

Угу, прям целая наука, да :)) а вопросы хорошие, правильные. Если бы все ими задавались, глядишь, в PDB меньше бы лажи было :)

0

17.07.2023

Egor Marin · Accepted Answer

>почему ... такая большая погрешность? потому что кристаллы плохо упорядочены, потому что белки подвижны и вообще не особо любят садиться в кристаллы. К источникам излучения претензий нет. >Почему данные релевантны? потому что ортогональные (полученные абсолютно другими методами) данные часто подтверждают гипотезы, сделанные на основе структур.

Похожие чаты

Уважаемые коллеги, а может кто-то поведать почему при съёмке рентгеноструктурными

21 ответов

Похожие вопросы