Похожие чаты

Здравствуйте, коллеги! Слушайте, я тут информацию пытаюсь найти... Вот существует AIMD

(молдинамика), может же существовать и AIMtD (метадинамика)? Есть программные решения? Или литература на эту тему?

Пока нормально поискать не могу, доступен только ТГ и сервисы внутри него, такова ситуация)

16 ответов

52 просмотра

Наверное можно замутить что-адское вроде: Gromacs QM/MM+plumed+dl_poly+ASE (и ещё пары тулов поверх, чтобы при переносе из одного в другое ничего не сломалось). Если найдете что-то готовое и проще, скиньте сюда, пожалуйста, очень интересно обновить знания.

а в каком смысле aimtd? например, примеров по метадинамике по переменным, получаемым аи уже вагон (давайте скормим все в нейронку и получим 1д переменную xD)

Methylamine- Автор вопроса
Arthur Zalevsky
а в каком смысле aimtd? например, примеров по мета...

А можете скинуть, несколько штук примеров

Methylamine- Автор вопроса
Ael Deyr
Наверное можно замутить что-адское вроде: Gromacs ...

Вот боюсь даже представить как жто все связывать) Потому что появилась идея охарактеризовать реакцию, которая идет при очень жестких условиях, AIMD тут не поможет, ибо он даст яму и через барьер не перепрыгнет, а чтоб перепрыгнуть через барьер в несколько ккал надо очень долго стимулировать и таких мощностей нет во всей РФ)

Methylamine
Вот боюсь даже представить как жто все связывать) ...

У plumed есть и для метамоделирования плагины. Может можно снизить сам барьер? Не обязательно ведь симулировать в максимально аутентичных условиях. Катализатор там какой-нибудь, кофактор, ограничить область симуляции максимально.

Methylamine
Вот боюсь даже представить как жто все связывать) ...

ну... неправильно поставленная метадинамика (кммм) легко семплирует 30-40 ккал :) но так делать обычно не стоит) не надо изучать заведомо бессмысленные механизмы)

Methylamine
Вот боюсь даже представить как жто все связывать) ...

из коробки метадинамика есть в cp2k и xtb. в xtb еще есть neb и gsm в качестве дешевой альтернативы. плюс, если хочется совсем странного, xtb поддерживает oniom и можно использовать более высокоуровневые кванты из турбомоля или орки для части системы.

Arthur Zalevsky
из коробки метадинамика есть в cp2k и xtb. в xtb е...

а, в orca, судя по всему, тоже уже добавили модуль для метадинамики. так что можно даже нативно в ней запускать.

Arthur Zalevsky
а, в orca, судя по всему, тоже уже добавили модуль...

да и в nwchem уже есть https://www.nwchem-sw.org/index-php/Release62_Plane-Wave_Density_Functional_Theory.html#MetaDynamics вообщем все крупные движки уже имеют нативные имплементации. но они обычно более простые в смысле выбора cv - что, наверное, имеет смысл для квантов. просто в мд метадинамике как раз очень много работают над созданием сложных cv

Methylamine
А можете скинуть, несколько штук примеров

я имел в виду что-то типа такого https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1907975116 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2019.00025/full ну и дальше можно гуглить по ключевым словам)

Methylamine- Автор вопроса
Arthur Zalevsky
а, в orca, судя по всему, тоже уже добавили модуль...

Да, в ней имеется. Но я пользуюсь десмондом, ягуаром и квантумэспрессо поэтому мне не очень релевантно, а вот связать их интересно

Methylamine
Да, в ней имеется. Но я пользуюсь десмондом, ягуар...

судя по странице плумеда, они добавили нативную поддержку quantumespresso. так что все должно быть вообще просто (в техническом смысле). в научном может оказаться сложнее. правильный выбор cv, параметров симуляции, достижение сходимости профилей - все это легко растянется на несколько месяцев , а то и лет)

Methylamine
Вот боюсь даже представить как жто все связывать) ...

А амбрелла семплинг не применяется при квантовохимических вычислениях? Или координату реакции сложно определить?

Methylamine- Автор вопроса
Methylamine
Мне он не нравился из-за меньшей ясности

о_О как амбрелла семплинг может быть неясным о_О при условии, что механизм определен и все cv выбраны корректно

Похожие вопросы

Обсуждают сегодня

Господа, а что сейчас вообще с рынком труда на делфи происходит? Какова ситуация?
Rꙮman Yankꙮvsky
29
А вообще, что может смущать в самой Julia - бы сказал, что нет единого стандартного подхода по многим моментам, поэтому многое выглядит как "хаки" и произвол. Короче говоря, с...
Viktor G.
2
@Benzenoid can you tell me the easiest, and safest way to bu.y HEX now?
Živa Žena
20
This is a question from my wife who make a fortune with memes 😂😂 About the Migration and Tokens: 1. How will the old tokens be migrated to the new $LGCYX network? What is th...
🍿 °anton°
2
30500 за редактор? )
Владимир
47
а через ESC-код ?
Alexey Kulakov
29
What is the Dex situation? Agora team started with the Pnetwork for their dex which helped them both with integration. It’s completed but as you can see from the Pnetwork ann...
Ben
1
Гайс, вопрос для разносторонее развитых: читаю стрим с юарта, нада выделять с него фреймы с определенной структурой, если ли чо готовое, или долбаться с ринг буффером? нада у...
Vitaly
9
Anyone knows where there are some instructions or discort about failed bridge transactions ?
Jochem
21
@lozuk how do I get my phex copies of my ehex from a atomic wallet, to move to my rabby?
Justfrontin 👀
11
Карта сайта