Здравствуйте, коллеги! Слушайте, я тут информацию пытаюсь найти... Вот существует AIMD

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Здравствуйте, коллеги! Слушайте, я тут информацию пытаюсь найти... Вот существует AIMD

(молдинамика), может же существовать и AIMtD (метадинамика)? Есть программные решения? Или литература на эту тему?

Пока нормально поискать не могу, доступен только ТГ и сервисы внутри него, такова ситуация)

0

08.11.2023

16 ответов

48 просмотров

Arthur Zalevsky

а в каком смысле aimtd? например, примеров по метадинамике по переменным, получаемым аи уже вагон (давайте скормим все в нейронку и получим 1д переменную xD)

0

08.11.2023

Methylamine Автор вопроса

Arthur Zalevsky
а в каком смысле aimtd? например, примеров по мета...

А можете скинуть, несколько штук примеров

0

09.11.2023

Methylamine Автор вопроса

Arthur Zalevsky
а в каком смысле aimtd? например, примеров по мета...

Так, я имел ввиду Ab Initio)

0

09.11.2023

Methylamine Автор вопроса

Ael Deyr
Наверное можно замутить что-адское вроде: Gromacs ...

Вот боюсь даже представить как жто все связывать) Потому что появилась идея охарактеризовать реакцию, которая идет при очень жестких условиях, AIMD тут не поможет, ибо он даст яму и через барьер не перепрыгнет, а чтоб перепрыгнуть через барьер в несколько ккал надо очень долго стимулировать и таких мощностей нет во всей РФ)

0

09.11.2023

Ael Deyr

Methylamine
Вот боюсь даже представить как жто все связывать) ...

У plumed есть и для метамоделирования плагины. Может можно снизить сам барьер? Не обязательно ведь симулировать в максимально аутентичных условиях. Катализатор там какой-нибудь, кофактор, ограничить область симуляции максимально.

0

09.11.2023

Arthur Zalevsky

Methylamine
Вот боюсь даже представить как жто все связывать) ...

ну... неправильно поставленная метадинамика (кммм) легко семплирует 30-40 ккал :) но так делать обычно не стоит) не надо изучать заведомо бессмысленные механизмы)

0

09.11.2023

Arthur Zalevsky

Methylamine
Вот боюсь даже представить как жто все связывать) ...

из коробки метадинамика есть в cp2k и xtb. в xtb еще есть neb и gsm в качестве дешевой альтернативы. плюс, если хочется совсем странного, xtb поддерживает oniom и можно использовать более высокоуровневые кванты из турбомоля или орки для части системы.

0

09.11.2023

Arthur Zalevsky

Arthur Zalevsky
из коробки метадинамика есть в cp2k и xtb. в xtb е...

а, в orca, судя по всему, тоже уже добавили модуль для метадинамики. так что можно даже нативно в ней запускать.

0

09.11.2023

Arthur Zalevsky

Arthur Zalevsky
а, в orca, судя по всему, тоже уже добавили модуль...

да и в nwchem уже есть https://www.nwchem-sw.org/index-php/Release62_Plane-Wave_Density_Functional_Theory.html#MetaDynamics вообщем все крупные движки уже имеют нативные имплементации. но они обычно более простые в смысле выбора cv - что, наверное, имеет смысл для квантов. просто в мд метадинамике как раз очень много работают над созданием сложных cv

0

09.11.2023

Arthur Zalevsky

Methylamine
А можете скинуть, несколько штук примеров

я имел в виду что-то типа такого https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1907975116 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2019.00025/full ну и дальше можно гуглить по ключевым словам)

0

09.11.2023

Methylamine Автор вопроса

Arthur Zalevsky
а, в orca, судя по всему, тоже уже добавили модуль...

Да, в ней имеется. Но я пользуюсь десмондом, ягуаром и квантумэспрессо поэтому мне не очень релевантно, а вот связать их интересно

0

09.11.2023

Arthur Zalevsky

Methylamine
Да, в ней имеется. Но я пользуюсь десмондом, ягуар...

судя по странице плумеда, они добавили нативную поддержку quantumespresso. так что все должно быть вообще просто (в техническом смысле). в научном может оказаться сложнее. правильный выбор cv, параметров симуляции, достижение сходимости профилей - все это легко растянется на несколько месяцев , а то и лет)

0

09.11.2023

Danila Iakovlev

Methylamine
Вот боюсь даже представить как жто все связывать) ...

А амбрелла семплинг не применяется при квантовохимических вычислениях? Или координату реакции сложно определить?

0

09.11.2023

Methylamine Автор вопроса

Danila Iakovlev
А амбрелла семплинг не применяется при квантовохим...

Мне он не нравился из-за меньшей ясности

0

09.11.2023

Arthur Zalevsky

Methylamine
Мне он не нравился из-за меньшей ясности

о_О как амбрелла семплинг может быть неясным о_О при условии, что механизм определен и все cv выбраны корректно

0

09.11.2023

Ael Deyr · Accepted Answer

Наверное можно замутить что-адское вроде: Gromacs QM/MM+plumed+dl_poly+ASE (и ещё пары тулов поверх, чтобы при переносе из одного в другое ничего не сломалось). Если найдете что-то готовое и проще, скиньте сюда, пожалуйста, очень интересно обновить знания.

Похожие чаты

Здравствуйте, коллеги! Слушайте, я тут информацию пытаюсь найти... Вот существует AIMD

16 ответов

Похожие вопросы