нужно найти участки одинаковые для всех вирусов в наборе или чтобы они уникальные были? Про идее эту задачу можно решить сделав Multiple Sequence Alignment и искать либо synteny blocks или то что сильно разнится... На пангеномном графе это наверное ещё проще сделать :) Где есть один узел через который проходят все пути - общий блок. Если есть private nodes - они уникальные для своего генома.
Кстати, а где можно построить или визуализировать пангеномный граф?
Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для каждого генома замапить К-меры на все остальные и риды, что не замапились затем обратно на изначальный. Так получатся уникальные
Не, не такая уже и плохая, дело в количестве, размере и качестве геномов
Как ты любые перестановки учтешь, как минимум?
Перестановки чего?
У тебя порядок генов не отсортирован по гомологии между геномами даже одного организма, но разных штаммов
И чем это чревато?
Как ты msa представляешь тогда? Он у тебя переставлять может подпоследовательности?
Очень хорошо представляю даже. Вполне всё хорошо выравнивается
Видимо совсем не представляешь
Где? Я думаю правильный вопрос - как? И это непростой вопрос. Есть pggb pipeline, но он достаточно плохо подцепляет повторения. Есть cactus pangenome pipeline новый, но его я не тестировал ещё. Есть ещё GenGraph, он неплохо работает, но даёт граф в формате networkx, а стандарт считается GFA. А, ну minigraph тоже. В принципе, многие de Novo graph assemblers выдают граф, на который потом можно мэппить по одному геному с помощью миниграфа таким образом получить граф для всех последовательностей. С визуализацией - сложнее. Есть Tube map visualisation от vg team, и есть мой pantograph, но ни тот ни другой не умеют zoom делать нормально, и tube map читать сложновато для чуть после посложнее вариаций.
Возьмём на заметку)
Ну MSA можно локально сделать на различных участках, зато его визуализировать легко.
Zooming (то есть возможность взглянуть на граф без мелких вариаций) - очень нетривиальная задача. Я пока её так и не решил. Хотя идеи есть, но надо сесть за этот вопрос...
А как же bandage?
Минутка рекламы - Bandage-NG ;)
С bandage не сталкивался. Гляну. Спасибо! А насчёт рекламы, ну я же себя рекламирую (правда там особо и рекламировать нечего, уровень альфы примерно) 😊
Обсуждают сегодня