Присоединюсь к вопросу праймеров. Я почитал задачу и не понял,

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Присоединюсь к вопросу праймеров. Я почитал задачу и не понял,

нужно найти участки одинаковые для всех вирусов в наборе или чтобы они уникальные были? Про идее эту задачу можно решить сделав Multiple Sequence Alignment и искать либо synteny blocks или то что сильно разнится... На пангеномном графе это наверное ещё проще сделать :) Где есть один узел через который проходят все пути - общий блок. Если есть private nodes - они уникальные для своего генома.

0

24.09.2023

18 ответов

44 просмотра

Artyom Egorov

Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для каждого генома замапить К-меры на все остальные и риды, что не замапились затем обратно на изначальный. Так получатся уникальные

0

24.09.2023

Alexander S1r

Artyom Egorov
Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для ...

Не, не такая уже и плохая, дело в количестве, размере и качестве геномов

0

24.09.2023

Artyom Egorov

Alexander S1r
Не, не такая уже и плохая, дело в количестве, разм...

Как ты любые перестановки учтешь, как минимум?

0

24.09.2023

Alexander S1r

Artyom Egorov
Как ты любые перестановки учтешь, как минимум?

Перестановки чего?

0

24.09.2023

Artyom Egorov

Alexander S1r
Перестановки чего?

У тебя порядок генов не отсортирован по гомологии между геномами даже одного организма, но разных штаммов

0

24.09.2023

Alexander S1r

Artyom Egorov
У тебя порядок генов не отсортирован по гомологии ...

И чем это чревато?

0

24.09.2023

Artyom Egorov

Alexander S1r
И чем это чревато?

Как ты msa представляешь тогда? Он у тебя переставлять может подпоследовательности?

0

24.09.2023

Alexander S1r

Artyom Egorov
Как ты msa представляешь тогда? Он у тебя перестав...

Очень хорошо представляю даже. Вполне всё хорошо выравнивается

0

24.09.2023

Artyom Egorov

Alexander S1r
Очень хорошо представляю даже. Вполне всё хорошо в...

Видимо совсем не представляешь

0

24.09.2023

Alexander S1r

Artyom Egorov
Видимо совсем не представляешь

Стикер

0

24.09.2023

Vitaly Voloshin Автор вопроса

Alexander S1r
Кстати, а где можно построить или визуализировать ...

Где? Я думаю правильный вопрос - как? И это непростой вопрос. Есть pggb pipeline, но он достаточно плохо подцепляет повторения. Есть cactus pangenome pipeline новый, но его я не тестировал ещё. Есть ещё GenGraph, он неплохо работает, но даёт граф в формате networkx, а стандарт считается GFA. А, ну minigraph тоже. В принципе, многие de Novo graph assemblers выдают граф, на который потом можно мэппить по одному геному с помощью миниграфа таким образом получить граф для всех последовательностей. С визуализацией - сложнее. Есть Tube map visualisation от vg team, и есть мой pantograph, но ни тот ни другой не умеют zoom делать нормально, и tube map читать сложновато для чуть после посложнее вариаций.

0

24.09.2023

Alexander S1r

Vitaly Voloshin
Где? Я думаю правильный вопрос - как? И это непрос...

Возьмём на заметку)

0

24.09.2023

Vitaly Voloshin Автор вопроса

Artyom Egorov
Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для ...

Ну MSA можно локально сделать на различных участках, зато его визуализировать легко.

0

24.09.2023

Vitaly Voloshin Автор вопроса

Alexander S1r
Возьмём на заметку)

Zooming (то есть возможность взглянуть на граф без мелких вариаций) - очень нетривиальная задача. Я пока её так и не решил. Хотя идеи есть, но надо сесть за этот вопрос...

0

24.09.2023

Olga Kalinina

Vitaly Voloshin
Где? Я думаю правильный вопрос - как? И это непрос...

А как же bandage?

0

24.09.2023

Anton Korobeynikov

Olga Kalinina
А как же bandage?

Минутка рекламы - Bandage-NG ;)

0

24.09.2023

Vitaly Voloshin Автор вопроса

Anton Korobeynikov
Минутка рекламы - Bandage-NG ;)

С bandage не сталкивался. Гляну. Спасибо! А насчёт рекламы, ну я же себя рекламирую (правда там особо и рекламировать нечего, уровень альфы примерно) 😊

0

24.09.2023

Alexander S1r · Accepted Answer

Alexander S1r

Кстати, а где можно построить или визуализировать пангеномный граф?

0

24.09.2023

Похожие чаты

Присоединюсь к вопросу праймеров. Я почитал задачу и не понял,

18 ответов

Похожие вопросы