Похожие чаты

Присоединюсь к вопросу праймеров. Я почитал задачу и не понял,

нужно найти участки одинаковые для всех вирусов в наборе или чтобы они уникальные были? Про идее эту задачу можно решить сделав Multiple Sequence Alignment и искать либо synteny blocks или то что сильно разнится... На пангеномном графе это наверное ещё проще сделать :) Где есть один узел через который проходят все пути - общий блок. Если есть private nodes - они уникальные для своего генома.

18 ответов

13 просмотров

Кстати, а где можно построить или визуализировать пангеномный граф?

Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для каждого генома замапить К-меры на все остальные и риды, что не замапились затем обратно на изначальный. Так получатся уникальные

Artyom Egorov
Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для ...

Не, не такая уже и плохая, дело в количестве, размере и качестве геномов

Alexander S1r
Не, не такая уже и плохая, дело в количестве, разм...

Как ты любые перестановки учтешь, как минимум?

Alexander S1r
Перестановки чего?

У тебя порядок генов не отсортирован по гомологии между геномами даже одного организма, но разных штаммов

Alexander S1r
И чем это чревато?

Как ты msa представляешь тогда? Он у тебя переставлять может подпоследовательности?

Artyom Egorov
Как ты msa представляешь тогда? Он у тебя перестав...

Очень хорошо представляю даже. Вполне всё хорошо выравнивается

Vitaly-Voloshin Автор вопроса
Alexander S1r
Кстати, а где можно построить или визуализировать ...

Где? Я думаю правильный вопрос - как? И это непростой вопрос. Есть pggb pipeline, но он достаточно плохо подцепляет повторения. Есть cactus pangenome pipeline новый, но его я не тестировал ещё. Есть ещё GenGraph, он неплохо работает, но даёт граф в формате networkx, а стандарт считается GFA. А, ну minigraph тоже. В принципе, многие de Novo graph assemblers выдают граф, на который потом можно мэппить по одному геному с помощью миниграфа таким образом получить граф для всех последовательностей. С визуализацией - сложнее. Есть Tube map visualisation от vg team, и есть мой pantograph, но ни тот ни другой не умеют zoom делать нормально, и tube map читать сложновато для чуть после посложнее вариаций.

Vitaly-Voloshin Автор вопроса
Artyom Egorov
Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для ...

Ну MSA можно локально сделать на различных участках, зато его визуализировать легко.

Vitaly-Voloshin Автор вопроса
Alexander S1r
Возьмём на заметку)

Zooming (то есть возможность взглянуть на граф без мелких вариаций) - очень нетривиальная задача. Я пока её так и не решил. Хотя идеи есть, но надо сесть за этот вопрос...

Olga Kalinina
А как же bandage?

Минутка рекламы - Bandage-NG ;)

Vitaly-Voloshin Автор вопроса
Anton Korobeynikov
Минутка рекламы - Bandage-NG ;)

С bandage не сталкивался. Гляну. Спасибо! А насчёт рекламы, ну я же себя рекламирую (правда там особо и рекламировать нечего, уровень альфы примерно) 😊

Похожие вопросы

Обсуждают сегодня

А еще в перле можно уже @arr1 + @arr2?
Sergei Zhmylove
53
я не магистр хаскеля, но разве не может лейзи тип конвертнуться в не-лейзи запросив вычисление содержимого прям при инициализации?
deadgnom32 λ madao
100
Привет всем. появился вопрос. Разрабатываю сайт, в данный момент он запущен. Хостинг beget. Добавляю на сайт яндекс метрику с помощью полей client-settings (взято отсюда http...
Andrew
2
I arrived here after a Chico Crypto show highlighted the project & the Team - the fact that the Team had a long history of successfully working with household names gave me e...
Banter is Bullish
1
Подскажите, где смотреть результат выполнения программы? Код: ;.686 ;Система команд процессора 686 ;.MODEL FLAT,stdcall ;Модель памяти плоская, станда...
Егор Анелькин
5
Где в Астане можно купить мясо для шашлыков?
Dancing Іңұқәһүғө
21
Hi I have recently invested in ewt . Any way to stake it ?
K ì V
11
;.686 ;Система команд процессора 686 ;.MODEL FLAT,stdcall ;Модель памяти плоская, стандартный ;вызов процедуры ;option casemap:no...
Егор Анелькин
1
Добрый день подскажите пожалуйста может кто то сталкивался с ошибками Sentry 22.10.0 развернутым из helm чарт в Kubernetes? Изначально 3 дня назад очень стало много событий ух...
Tire4 Finist Devops
1
Ну чё, сегодня все в гавно?))
ᅠ🚀
20
Карта сайта