Похожие чаты

Присоединюсь к вопросу праймеров. Я почитал задачу и не понял,

нужно найти участки одинаковые для всех вирусов в наборе или чтобы они уникальные были? Про идее эту задачу можно решить сделав Multiple Sequence Alignment и искать либо synteny blocks или то что сильно разнится... На пангеномном графе это наверное ещё проще сделать :) Где есть один узел через который проходят все пути - общий блок. Если есть private nodes - они уникальные для своего генома.

18 ответов

40 просмотров

Кстати, а где можно построить или визуализировать пангеномный граф?

Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для каждого генома замапить К-меры на все остальные и риды, что не замапились затем обратно на изначальный. Так получатся уникальные

Artyom Egorov
Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для ...

Не, не такая уже и плохая, дело в количестве, размере и качестве геномов

Alexander S1r
Не, не такая уже и плохая, дело в количестве, разм...

Как ты любые перестановки учтешь, как минимум?

Alexander S1r
Перестановки чего?

У тебя порядок генов не отсортирован по гомологии между геномами даже одного организма, но разных штаммов

Alexander S1r
И чем это чревато?

Как ты msa представляешь тогда? Он у тебя переставлять может подпоследовательности?

Artyom Egorov
Как ты msa представляешь тогда? Он у тебя перестав...

Очень хорошо представляю даже. Вполне всё хорошо выравнивается

Vitaly-Voloshin Автор вопроса
Alexander S1r
Кстати, а где можно построить или визуализировать ...

Где? Я думаю правильный вопрос - как? И это непростой вопрос. Есть pggb pipeline, но он достаточно плохо подцепляет повторения. Есть cactus pangenome pipeline новый, но его я не тестировал ещё. Есть ещё GenGraph, он неплохо работает, но даёт граф в формате networkx, а стандарт считается GFA. А, ну minigraph тоже. В принципе, многие de Novo graph assemblers выдают граф, на который потом можно мэппить по одному геному с помощью миниграфа таким образом получить граф для всех последовательностей. С визуализацией - сложнее. Есть Tube map visualisation от vg team, и есть мой pantograph, но ни тот ни другой не умеют zoom делать нормально, и tube map читать сложновато для чуть после посложнее вариаций.

Vitaly-Voloshin Автор вопроса
Artyom Egorov
Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для ...

Ну MSA можно локально сделать на различных участках, зато его визуализировать легко.

Vitaly-Voloshin Автор вопроса
Alexander S1r
Возьмём на заметку)

Zooming (то есть возможность взглянуть на граф без мелких вариаций) - очень нетривиальная задача. Я пока её так и не решил. Хотя идеи есть, но надо сесть за этот вопрос...

Olga Kalinina
А как же bandage?

Минутка рекламы - Bandage-NG ;)

Vitaly-Voloshin Автор вопроса
Anton Korobeynikov
Минутка рекламы - Bandage-NG ;)

С bandage не сталкивался. Гляну. Спасибо! А насчёт рекламы, ну я же себя рекламирую (правда там особо и рекламировать нечего, уровень альфы примерно) 😊

Похожие вопросы

Обсуждают сегодня

30500 за редактор? )
Владимир
47
any reference of this implementation?
BitBuddha
29
Ⓐrtto, [4/23/24 7:02 PM] Please explain more fully how it is not working exactly, and what are the steps you are taking, and what error messages come or what happens. Ⓐrtto, ...
Ezza Kezza
2
sounds like people have lost their kaspa on tradeogre... does this mean tradeogre not trustworthy?
Ezza Kezza
15
Страшнейшая правда про списки ЦБ. С первых дней жизни P2P сферы, молодые человеки, начитавшись законодательной базы и "внутренних" документов, решили, что им противостоит сер...
Foxcool
3
Недавно Google Project Zero нашёл багу в SQLite с помощью LLM, о чём достаточно было шумно в определённых интернетах, которые сопровождались рассказами, что скоро всех "ибешни...
Alex Sherbakov
5
So much speculation in the last week. So much volatility in price. This is because Hedera has a GC that isn't using the network it's governing. Why aren't people asking why a...
Summit Seeker R
8
Anyone else having this error when trying to make transactions?
Datzel
11
Question: How viable is it to use Anvil as the backend infrastructure for managing a TradFi portfolio, while integrating Flexa for instant liquidity and payment solutions? Cou...
Kevin
2
вы делали что-то подобное и как? может есть либы готовые? увидел картинку нокода, где всё линиями соединено и стало интересно попробовать то же в ddl на lua сделать. решил с ч...
Victor
8
Карта сайта