Похожие чаты

Присоединюсь к вопросу праймеров. Я почитал задачу и не понял,

нужно найти участки одинаковые для всех вирусов в наборе или чтобы они уникальные были? Про идее эту задачу можно решить сделав Multiple Sequence Alignment и искать либо synteny blocks или то что сильно разнится... На пангеномном графе это наверное ещё проще сделать :) Где есть один узел через который проходят все пути - общий блок. Если есть private nodes - они уникальные для своего генома.

18 ответов

38 просмотров

Кстати, а где можно построить или визуализировать пангеномный граф?

Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для каждого генома замапить К-меры на все остальные и риды, что не замапились затем обратно на изначальный. Так получатся уникальные

Artyom Egorov
Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для ...

Не, не такая уже и плохая, дело в количестве, размере и качестве геномов

Alexander S1r
Не, не такая уже и плохая, дело в количестве, разм...

Как ты любые перестановки учтешь, как минимум?

Alexander S1r
Перестановки чего?

У тебя порядок генов не отсортирован по гомологии между геномами даже одного организма, но разных штаммов

Alexander S1r
И чем это чревато?

Как ты msa представляешь тогда? Он у тебя переставлять может подпоследовательности?

Artyom Egorov
Как ты msa представляешь тогда? Он у тебя перестав...

Очень хорошо представляю даже. Вполне всё хорошо выравнивается

Vitaly-Voloshin Автор вопроса
Alexander S1r
Кстати, а где можно построить или визуализировать ...

Где? Я думаю правильный вопрос - как? И это непростой вопрос. Есть pggb pipeline, но он достаточно плохо подцепляет повторения. Есть cactus pangenome pipeline новый, но его я не тестировал ещё. Есть ещё GenGraph, он неплохо работает, но даёт граф в формате networkx, а стандарт считается GFA. А, ну minigraph тоже. В принципе, многие de Novo graph assemblers выдают граф, на который потом можно мэппить по одному геному с помощью миниграфа таким образом получить граф для всех последовательностей. С визуализацией - сложнее. Есть Tube map visualisation от vg team, и есть мой pantograph, но ни тот ни другой не умеют zoom делать нормально, и tube map читать сложновато для чуть после посложнее вариаций.

Vitaly-Voloshin Автор вопроса
Artyom Egorov
Msa на весь геном - очень плохая затея. Проще для ...

Ну MSA можно локально сделать на различных участках, зато его визуализировать легко.

Vitaly-Voloshin Автор вопроса
Alexander S1r
Возьмём на заметку)

Zooming (то есть возможность взглянуть на граф без мелких вариаций) - очень нетривиальная задача. Я пока её так и не решил. Хотя идеи есть, но надо сесть за этот вопрос...

Olga Kalinina
А как же bandage?

Минутка рекламы - Bandage-NG ;)

Vitaly-Voloshin Автор вопроса
Anton Korobeynikov
Минутка рекламы - Bandage-NG ;)

С bandage не сталкивался. Гляну. Спасибо! А насчёт рекламы, ну я же себя рекламирую (правда там особо и рекламировать нечего, уровень альфы примерно) 😊

Похожие вопросы

Обсуждают сегодня

Ready for some fun AND a chance to win TKO Tokens? Join us for exciting minigames in our Telegram group! 🕒 Don’t miss out—games start on today 25 October 2024, at 8 PM! Ge...
Milkyway | Tokocrypto
255
Мужики и девушки, привет) в Вelphi xe7 в настройках во вкладке "Editor Options" далее " Color" есть список: "Elements", открыв который мы можем настраивать отображение разных...
Kraszx
14
is that okay?
Samurai 🇯🇵
21
Добрый вечер. Есть вопрос, а может и предложение. Был у меня диалог в другой группе о делфи и я задался вопросом: "А нельзя ли в делфи цвет //коментария и {комментария} сде...
Kraszx
24
How about the project bro Likes the community not that active ?
🅿️abby_FX
19
Всем привет! Подскажи, пожалуйста, как передать в TComboBox сразу значение и id записи. На Delphi я делал так: ComboBox1.Items.AddObject('Какое-то значение', Pointer(id запис...
Евгений
13
А вот это что за конструкция? Вернее, она тут нафига?
Serjone
10
Мдя, прикол, боевая сборка запускается (именно под отладчиком) после F9 примерно полторы минуты (97 секунд если быть точным). Начал копать - проблема детектится сразу - зависа...
Александр (Rouse_) Багель
38
Здравствуйте товарищи. А где вы смотрите маркеры/фенотипы клеток, чтобы подобрать антитело для задачи? Есть какой-то ресурс/база данных, или всё ручками по статьям? Мне нужно ...
Abruhmed
14
Мужики. привет) в Вelphi xe7 в настройках во вкладке "Editor Options" далее " Color" есть список: "Elements", открыв который мы можем настраивать отображение разных элементов...
Kraszx
2
Карта сайта