@Olegkovale @ok55991 @aozalevsky @ivangushchin @ivankov13 Апдейт Альфафолда ?

да, ему уже неделя или около того. клеймы - что все стало быстрее, выше, сильнее. но ни кода, ни весов :)

0

04.11.2023

Arthur Zalevsky
да, ему уже неделя или около того. клеймы - что вс...

Во вторник выпустили)) как раз я сидела на защите, докладчик рассказывал как они применяли альфафолд, я листала твиттер, а потом говорю ему - а вы знаете…?!🤣

0

04.11.2023

Vladimir Shitov

Arthur Zalevsky
да, ему уже неделя или около того. клеймы - что вс...

Дурацкий тренд

0

04.11.2023

Arthur Zalevsky
да, ему уже неделя или около того. клеймы - что вс...

Дык это ж progress report :))

0

04.11.2023

Vladimir Shitov
Дурацкий тренд

ну это же коммерческая компания, а не лаборатория)

0

04.11.2023

Olga Kalinina
Во вторник выпустили)) как раз я сидела на защите,...

Я сидел тихо и ждал, когда в этой группе репорт заметят :))) заметили таки :))

0

04.11.2023

Имеют право. Жаль, что в каспе их не было

0

04.11.2023

Ну не просто выше и сильнее, а теперь с лигандами, нуклеиновыми кислотами и пост-трансляционными модификациями :)

0

04.11.2023

Olga Kalinina
Имеют право. Жаль, что в каспе их не было

В статье есть бенчамрки по таргетам из последнего каспа :)

0

04.11.2023

Oleg K
В статье есть бенчамрки по таргетам из последнего ...

И вы говорите)))

0

04.11.2023

Oleg K
Ну не просто выше и сильнее, а теперь с лигандами,...

ну... я, традиционно, скажу, что я скептик :) и пока не проверю сам хотя бы поли-А на паре-тройки объектов (ТФ и погнутые дуплексы, конечно, все равно круто, но это таки сильно проще) ... про малые молекулы я еще более скептичен. на их картинке настолько удивительно совпадают положения всех радикалов весьма большого и подвижного лиганда, что я не верю. в пдб, имхо, просто нет достаточной информации, чтобы выучить разумное генерализованное силовое поле для такого разнообразного хим пространства. я, опять же, в силу исключительного скептицизма, склонен подозревать протечку трейна.

0

04.11.2023

Arthur Zalevsky
ну... я, традиционно, скажу, что я скептик :) и по...

Ну ТФ по готовым темплейтам складывать несложно, я думаю. Хз что там со специфичностью при этом

0

04.11.2023

Arthur Zalevsky
ну... я, традиционно, скажу, что я скептик :) и по...

Абсолютно разумные сомнения :) задумался о том, могу ли я их частично развеять, не нарушая НДА. Видимо, не могу :(

0

04.11.2023

ого, нда с дипмайндом?) хотя, наверное, по его условиям нельзя даже сказать с кем xD ну, значит, будем ждать релиза) если он будет для кого-то кроме условного пфайзера :)

0

04.11.2023

Arthur Zalevsky
ого, нда с дипмайндом?) хотя, наверное, по его усл...

Я как-то не уверена, что они зарелизят это в открытый доступ. Анонс вышел через три недели после выхода all-atom статьи Бейкера (в которой кстати тоже заметен риск протечки данных о пакетах связывания из трейна в тест), как если бы они хотели показать, что тоже могут в all-atom. И в пдфке анонса написано deepmind+isomorphic labs, да и сам анонс вышел на сайте isomorphic labs. Так что для меня выглядит как попытка isomorphic labs напомнить потенциальным покупателям, что кофолдинг от isomorphic уже существует и работает, чтобы от появления Бейкеровской статьи покупатели не слились. Хотя было бы супер круто, если б ее выложили в открытый доступ + если бы потом все это появилось в OpenFold.

0

05.11.2023

Maria Kadukova
Я как-то не уверена, что они зарелизят это в откры...

Новости вышли и через Айзоморфик, и через Дипмайнд :) https://deepmind.google/discover/blog/a-glimpse-of-the-next-generation-of-alphafold Это промежуточный прогресс-репорт, работа продолжается :)

0

05.11.2023

Maria Kadukova
Я как-то не уверена, что они зарелизят это в откры...

Кстати, а почему «было бы круто, если бы всё это появилось в OpenFold”? :) То есть я согласен, что независимое воспроизведение результатов - это важно и нужно, и это доказывает, что метод надёжный и устойчивый. А ещё что? :)

0

05.11.2023

Oleg K
Новости вышли и через Айзоморфик, и через Дипмайнд...

о, хорошо))

0

05.11.2023

Oleg K
Кстати, а почему «было бы круто, если бы всё это п...

1) Да, независимое воспроизведение результатов) OpenFold статья была достаточно прикольная, со всякими интересными маленькими наблюдениями. 2) У них есть ресурсы, чтобы изменить/улучшить что-то, что не понравилось коммьюнити в исходной статье, и обучить какие-то форки. Мне кажется, с маленькими молекулами вполне может оказаться, что есть что улучшить после релиза.

0

05.11.2023

Maria Kadukova
1) Да, независимое воспроизведение результатов) Op...

Да, у них были интересные данные по абляции, скажем :) ДМ аналогичные данные не публиковал, но на всяких конференциях в общих чертах рассказывают. А вот про изменение/улучшение я что-то не уверен. В голову приходит только некоторое увеличение скорости инференса (на конференции они сами иронично говорили, мол это достигнуто ценой, например, замены 20 строчек легко читаемого кода в АФ примерно 400 строчками нечитаемого оптимизированного кода в ОФ :) ) Я что-то упускаю?

0

05.11.2023

Oleg K
Да, у них были интересные данные по абляции, скаже...

Честно говоря, я не знаю, оно же не опубликовано. В статье Бейкера было сколько-то мелочей, которые хочется поправить. Над АФ работает больше людей с большим количеством времени и мб с лучшей экспертизой, так что может и ничего не нужно будет улучшать. Про инференс забавно получилось, спасибо за ремарку) Мне теперь грустно, что я давно не ходила на конференции 🫠

0

05.11.2023

Maria Kadukova
Честно говоря, я не знаю, оно же не опубликовано. ...

Про конференции и грусть - мы ж в постковидное время живём, куча мероприятий - гибридные :) Я сам предпочитаю из дома послушать (а то и поговорить), чем куда-нить ехать :))

0

05.11.2023

Simon Kozlov

Oleg K
Да, у них были интересные данные по абляции, скаже...

Насколько я понимаю, одна из радостей OF - что в опенсурсе полный пайплайн тренировки

0

05.11.2023

Arthur Zalevsky
ого, нда с дипмайндом?) хотя, наверное, по его усл...

ой, я думал, что ты в CCP4, а оказывается, уже дипмайнд :) тогда все вопросы про нда снимаются xD

0

07.11.2023

Oleg K
Абсолютно разумные сомнения :) задумался о том, мо...

ой, я думал, что ты в CCP4, а оказывается уже дипмайнд :) тогда все вопросы про нда снимаются xD

0

07.11.2023

Arthur Zalevsky
ой, я думал, что ты в CCP4, а оказывается уже дип...

Угумс, есть грешок :)) Но в этой группе я исключительно как частное лицо, с целью поболтать на (около)научные темы. «все мнения мои собственные» и прочий дисклеймер :))

0

08.11.2023

Anatoly K

Oleg K
Угумс, есть грешок :)) Но в этой группе я исключит...

а не расскажете, как выстроена работа в коммерческой лаборатории сравнительно с классической-академической?

0

08.11.2023

Vladimir Shitov

Anatoly K
а не расскажете, как выстроена работа в коммерческ...

И про интервью было бы интересно узнать!

0

08.11.2023

Vladimir Shitov
И про интервью было бы интересно узнать!

Я не уверен, что мой опыт релевантен, так как у меня нетипичная позиция внутреннего эксперта. Могу сказать, что было восемь созвонов по пол-часа в течении месяца с разными людьми, я не готовился - просто общались, разговаривали. Собственно, я и не подавался никуда - меня на ЛинкедИне нашёл HR, подбирающий людей и предложил пообщаться :)

0

08.11.2023

Olga Kalinina · Accepted Answer