Господа - что то я завис на простейшей штуке -

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Господа - что то я завис на простейшей штуке -

DGE - diff gene expression analysis - проясните кто может - вот у меня есть все гены и два сампла для разных тканей (из базы например HPA) - для каждого сампла есть значение скажем TPM (2 / 10) - чтобы сравнить и сказать один ген overexpressed или нет в ткани - как тут можно сделать стат тест на двух числах только? это если бы у меня было по десять реплик каждого - тогда да, а в случае двух чисел - какой нахрен стат тест?

0

19.10.2023

13 ответов

44 просмотра

Ilya Flyamer

а это и не делают без реплик - в идеале, конечно, надо больше реплик, но хотя бы 3 - нужно, да

0

19.10.2023

Alex Автор вопроса

Mr.britva
На двух образцах статистика не делается, вы можете...

ну а как сказать это рельно больше - 26 или 29?

0

19.10.2023

Mr.britva

Alex
ну а как сказать это рельно больше - 26 или 29?

29 больше 26, это 100%

0

19.10.2023

Alex Автор вопроса

Ilya Flyamer
а это и не делают без реплик - в идеале, конечно, ...

так HPA дает только одно число TPM for gene/condition

0

19.10.2023

Alex Автор вопроса

Mr.britva
29 больше 26, это 100%

я всегда готов пошутить - но надо порешать вопрос ) лучше налейте (подскажите )))

0

19.10.2023

Ilya Flyamer

Alex
так HPA дает только одно число TPM for gene/condit...

ну, это к ним вопрос, не знаю

0

19.10.2023

Mr.britva

В данном случае использовать статистику не получится, статистика работает для групп объектов

0

19.10.2023

Alex Автор вопроса

Mr.britva
В данном случае использовать статистику не получит...

да блин знаю я это - поэтому и вопрос задаю )

0

19.10.2023

Mr.britva

Alex
да блин знаю я это - поэтому и вопрос задаю )

Ну вы же сами знаете ответ)

0

19.10.2023

Alex Автор вопроса

Mr.britva
Ну вы же сами знаете ответ)

я знаю ответ в лоб - а хочется понять чего тогда базы дают одно число

0

19.10.2023

Elena Sharova

Alex
я знаю ответ в лоб - а хочется понять чего тогда б...

Это не базы дают - это протеин атлас выложил чиселки своих визуализаций БЕЗ претензий на дифф экспрессию, дисперсии и т.д. Более тго - они подчеркивают, что их единственный TPM - это max TPM. И для этого тоже есть основания.

0

19.10.2023

Alex Автор вопроса

Elena Sharova
Это не базы дают - это протеин атлас выложил чисел...

хм - спасибо… а более полного датасета цу них найти нельзя - только вот эти приблизительные цифры?

0

19.10.2023

Mr.britva · Accepted Answer

Mr.britva

На двух образцах статистика не делается, вы можете просто сравнить и сказать где больше, а где меньше

0

19.10.2023

Похожие чаты

Господа - что то я завис на простейшей штуке -

13 ответов

Похожие вопросы