Всем привет, помогите, пожалуйста, что я делаю не так: Хочу аннотировать

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Всем привет, помогите, пожалуйста, что я делаю не так: Хочу аннотировать

свой vcf файл с помощью snpEff
Референсный геном – новая сборка в виде контигов
Возникает ошибка при создании базы данных из файлов:
Что было сделано:
1. Создана папка с именем базы данных
2. Туда записаны файлы genes.gbk, genes.gff, snpEff.config
В файле snpEff.config записано так genome.genome: genome
На вход:
snpEff build -gff3 -v genome
Терминал выдает:

00:00:00 SnpEff version SnpEff 5.1d (build 2022-04-19 15:49), by Pablo Cingolani
00:00:00 Command: 'build'
00:00:00 Building database for 'genome'
00:00:00 Reading configuration file 'snpEff.config'. Genome: 'genome'
00:00:00 Reading config file: /home/manager/Project/data/genome/snpEff.config
00:00:00 done
00:00:00 Reading GFF3 data file : '/home/manager/Project/data/genome/./data/genome/genes.gff'
00:00:00 Reading file '/home/manager/Project/data/genome/./data/genome/genes.gff'
java.lang.RuntimeException: File not found '/home/manager/Project/data/genome/./data/genome/genes.gff'
at org.snpeff.util.Gpr.reader(Gpr.java:513)
at org.snpeff.util.Gpr.reader(Gpr.java:484)
at org.snpeff.snpEffect.factory.SnpEffPredictorFactoryGff.readGff(SnpEffPredictorFactoryGff.java:510)
at org.snpeff.snpEffect.factory.SnpEffPredictorFactoryGff.create(SnpEffPredictorFactoryGff.java:342)
at org.snpeff.snpEffect.commandLine.SnpEffCmdBuild.run(SnpEffCmdBuild.java:416)
at org.snpeff.SnpEff.run(SnpEff.java:1141)
at org.snpeff.SnpEff.main(SnpEff.java:160)
java.lang.RuntimeException: Error reading file '/home/manager/Project/data/genome/./data/genome/genes.gff'
java.lang.RuntimeException: File not found '/home/manager/Project/data/genome/./data/genome/genes.gff'
at org.snpeff.snpEffect.factory.SnpEffPredictorFactoryGff.create(SnpEffPredictorFactoryGff.java:359)
at org.snpeff.snpEffect.commandLine.SnpEffCmdBuild.run(SnpEffCmdBuild.java:416)
at org.snpeff.SnpEff.run(SnpEff.java:1141)
at org.snpeff.SnpEff.main(SnpEff.java:160)
00:00:00 Logging
00:00:01 Checking for updates...
00:00:02 Done.

Я так понимаю, что я что-то не правильно указываю в файле config, но что?
Заранее спасибо за любую информацию

0

04.05.2023

4 ответов

29 просмотров

Yoda Автор вопроса

Алексей Ермолаев
Кажется все началось с File not found. Дополнитель...

Вот да, но я не указываю этот путь нигде,только папку, а ее он видит корректно, так как файл genes.gff находит

0

04.05.2023

Алексей Ермолаев

Yoda
Вот да, но я не указываю этот путь нигде,только па...

Я так понял, вы запускаете команду snpEff build -gff3 -v genome в каталоге /home/manager/Project/data/genome/. Попробуйте запустить ту же команду из каталога /home/manager/Project/. snpEff по идее должен сам цепануть файлы из ./data/genome. И может стоит переместить snpEff.config в /home/manager/Project/.

0

04.05.2023

Yoda Автор вопроса

Алексей Ермолаев
Я так понял, вы запускаете команду snpEff build -g...

Спасибо, попробую

0

04.05.2023

Алексей Ермолаев · Accepted Answer

Алексей Ермолаев

Кажется все началось с File not found. Дополнительный ./data/genome в пути выглядит лишним.

0

04.05.2023

Похожие чаты

Всем привет, помогите, пожалуйста, что я делаю не так: Хочу аннотировать

4 ответов

Похожие вопросы