А где набирать опыт или искать проекты, в которых можно

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

А где набирать опыт или искать проекты, в которых можно

участвовать (по биоинформатике), если изучаешь биологию, физику, программирование, но при этом не обучаясь на "биоинформатике" и университет не развивается в данном направлении?

0

01.09.2023

27 ответов

72 просмотра

Arteys Minin

Marco Scavenger
А что за направление такое, которое включает биоло...

Биофизика?

0

01.09.2023

Marco Scavenger

Arteys Minin
Биофизика?

Программирование на биофизике?

0

01.09.2023

Kirill Polovnikov

Marco Scavenger
Программирование на биофизике?

В Гарварде хорошая программа по биофизике, например

0

01.09.2023

Marco Scavenger

Kirill Polovnikov
В Гарварде хорошая программа по биофизике, наприме...

Я думаю, студенты Гарварда вряд ли будут такое тут писать.

0

01.09.2023

Egor Marin

Marco Scavenger
Я думаю, студенты Гарварда вряд ли будут такое тут...

я думаю, вы сильно переоцениваете студентов Гарварда — как, впрочем, и любого отдельно взятого вуза.

0

01.09.2023

Marco Scavenger

Egor Marin
я думаю, вы сильно переоцениваете студентов Гарвар...

Нет, дело не в студентах. Если и переоцениваю, то их программы скорее. Я просто сомневаюсь, что изначальное сообщение применимо к учебным планам Гарварда на их биофизике, наверняка они и в базовую биоинформатику дают введение.

0

01.09.2023

etonastya Автор вопроса

Marco Scavenger
А что за направление такое, которое включает биоло...

Нуу… мое направление обучения «наноэлектроника», т.е. физика+программирование, но помимо этого я занимаюсь научкой по направлению «нанотехнологии в биомедицине» и тут уже появляется биология. Ну и никуда без самостоятельного изучения

0

01.09.2023

Marco Scavenger

etonastya
Нуу… мое направление обучения «наноэлектроника», т...

Сочетание огонь, конечно. :)

0

01.09.2023

etonastya Автор вопроса

Marco Scavenger
Сочетание огонь, конечно. :)

Сарказм?)

0

01.09.2023

Marco Scavenger

etonastya
Сарказм?)

Да нет, почему. Если это устроено так, чтобы не пытаться объять необъятное за короткое время, то очень даже неплохо.

0

01.09.2023

Oleg K

Marco Scavenger
А что за направление такое, которое включает биоло...

Например, классическая структурная биология, где основной метод до недавнего времени был рентгеноструктурный анализ. Это тяжелый физический метод, плюс надо понимать кристаллографию и соответствующую математику (типа преобразования Фурье). Плюс что потом со структурой белка делать :) С cryoEM своя веселуха - как правильно сигнал из шума вытягивать

0

01.09.2023

Olga Kalinina

Oleg K
Например, классическая структурная биология, где о...

Ни один из знакомых мне кристаллографов не понимает преобразование Фурье)) У них для этого есть ССР4, или как там ее

0

01.09.2023

Marco Scavenger

Oleg K
Например, классическая структурная биология, где о...

Вы хотите сказать, что в структурной биологии нет биоинформатики? По-моему, есть соответствующая область биоинформатики, которая неотъемлема фактически.

0

01.09.2023

Oleg K

Olga Kalinina
Ни один из знакомых мне кристаллографов не понимае...

Хехе, bias выборки - в моём случае про Фурье знают все, хотя может потому что я всю жизнь около того самого ССР4 ошивался :))) Как биолог, который таки понял преобразование Фурье и потом учил этому других биологов, утверждаю, что ничего сложного там нет :) С другой стороны, чтобы хоть как-то работать с белковой кристаллографией, надо понимать, что такое фазы и интенсивности (амплитуды), почему фазы в белковой кристаллографии это phi calc (не берем случай экспериментальных фаз, так как фазы от модели обычно точнее), и, соответственно, почему изменение позиции одного атома в модели белка меняет электронную плотность для всей молекулы.

0

01.09.2023

Maria Kadukova

Olga Kalinina
Ни один из знакомых мне кристаллографов не понимае...

у меня наоборот все кристаллографы его очень хорошо знают 😅 а знакомые докинг-люди, которые FFT-докинг для белков используют, знают, что первым такое использовали в molecular replacement, и тоже все знают фурье-штуки х)

0

01.09.2023

Olga Kalinina

Oleg K
Хехе, bias выборки - в моём случае про Фурье знают...

Это они запоминают, как заклинание))

0

01.09.2023

Oleg K

Marco Scavenger
Вы хотите сказать, что в структурной биологии нет ...

Смотрите, я вырастил кристалл, снял набор данных, решил структуру и построил структуру белка (и может статью даже написал). Это несомненно структурная биология, но биоинформатики тут я не вижу. А потом мне захотелось понять, на какие другие белки похожа моя структура и я прогнал структурный поиск через DALI или FoldSeek - это уже похоже на структурную биоинформатику. Что-то в этом роде

0

01.09.2023

Marco Scavenger

Marco Scavenger
Вы хотите сказать, что в структурной биологии нет ...

Она неотъемлема как раз там, где "что со структурой делать", собстно.

0

01.09.2023

Marco Scavenger

Oleg K
Смотрите, я вырастил кристалл, снял набор данных, ...

А программирование там где?

0

01.09.2023

Oleg K

Marco Scavenger
А программирование там где?

Программирование в разработке методов - делать софт, который удобно бы всё это считал. Пайплайны, автоматизация, вот это всё :) Плюс как всегда есть GUI для юзеров, но настоящие профи гоняют всё из командной строки баш-скриптами :))

0

01.09.2023

Oleg K

Marco Scavenger
Она неотъемлема как раз там, где "что со структуро...

В принципе да :)

0

01.09.2023

Oleg K

То есть я хотел сказать, что получение структуры и анализ структуры - разные вещи. Анализировать можно и чужие структуры, и это честная биоинформатика. А получение структуры - это отдельный трудоёмкий процесс, где свой софт, свои подходы и тд, но это не биоинформатика

0

01.09.2023

Marco Scavenger

Oleg K
То есть я хотел сказать, что получение структуры и...

Ну да, это не биоинформатика, это нечто на стыке биологии и физики, а программирование там сбоку совсем, как и в любой современной области вообще. В которой данные обрабатывать нужно.

0

01.09.2023

Egor Marin

Marco Scavenger
А программирование там где?

там же где любая автоматизация, не встроенная по умолчанию в какие-то тулы

0

01.09.2023

Marco Scavenger

Egor Marin
там же где любая автоматизация, не встроенная по у...

Ну это ведь прикручиваемо к любой сфере - экономика, лингвистика и так далее.

0

01.09.2023