Уважаемые коллеги, здравствуйте! Кто-нибудь может помочь с построением филогенетических деревьев

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Alexandra Rak

Уважаемые коллеги, здравствуйте! Кто-нибудь может помочь с построением филогенетических деревьев

в R (эволюция белка в пределах одного вида)? Напишите в личку, пожалуйста

0

21.09.2023

36 ответов

53 просмотра

Andrey

Olga Kalinina
Сам по себе Р не строит деревьев, вам нужна сторон...

как это не строит? https://fuzzyatelin.github.io/bioanth-stats/module-24/module-24.html

0

21.09.2023

Elena V

Первая ссылка в гугле https://fuzzyatelin.github.io/bioanth-stats/module-24/module-24.html

0

21.09.2023

Alexandra Rak Автор вопроса

Olga Kalinina
Сам по себе Р не строит деревьев, вам нужна сторон...

Сразу дисклеймер: я не владею R, есть филогенетическое дерево из UGene, но мне нужно его построить не по родству, а по временной динамике накопления мутаций в белке

0

21.09.2023

Elena V

Вот еще вариант https://brouwern.github.io/lbrb/worked-example-building-a-phylogeny-in-r.html

0

21.09.2023

Olga Kalinina

Andrey
как это не строит? https://fuzzyatelin.github.io/b...

Это просто реализация, причем не очень понятно чего. Я не нашла ссылки на описание модели, по крайней мере для maximum likelihood

0

21.09.2023

Olga Kalinina

Alexandra Rak
Сразу дисклеймер: я не владею R, есть филогенетиче...

Это же вообще другая задача. И зачем Вам для этого Р?

0

21.09.2023

Alexandra Rak Автор вопроса

Olga Kalinina
Это же вообще другая задача. И зачем Вам для этого...

Мне посоветовали для этого R, но если Вы знаете другой способ построения таких деревьев, пожалуйста, поделитесь. В UGene на основе выравнивания у меня получается только дерево по родству

0

21.09.2023

Olga Kalinina

Alexandra Rak
Мне посоветовали для этого R, но если Вы знаете др...

Я не знаю. Но я бы обратилась к человеку, который это посоветовал))

0

21.09.2023

Andrey

Olga Kalinina
Это просто реализация, причем не очень понятно чег...

это реализация построения филогенетического дерева

0

21.09.2023

Alexandra Rak Автор вопроса

Olga Kalinina
Я не знаю. Но я бы обратилась к человеку, который ...

Дело в том, что это было довольно давно, контакт потерян. И после неудачной попытки разобраться с этим самостоятельно я вновь прошу о помощи у более широкой аудитории

0

21.09.2023

Andrey

Alexandra Rak
Сразу дисклеймер: я не владею R, есть филогенетиче...

построить филогенетическое дерево так, чтобы оно не было филогенетическим? :)

0

21.09.2023

Olga Kalinina

Andrey
это реализация построения филогенетического дерева

А алгоритм-то какой? Я знаю как минимум три реализации maximum likelihood, и у них к всех получаются разные результаты)) Не говоря уже о том, что в каждой есть дюжина эволюционных моделей

0

21.09.2023

Alexandra Rak Автор вопроса

Andrey
построить филогенетическое дерево так, чтобы оно н...

Неточно выразилась, хотела чтобы было понятнее. Наверное это называется timetree или эволюционное дерево

0

21.09.2023

Alexander S1r

Alexandra Rak
Неточно выразилась, хотела чтобы было понятнее. На...

Что у вас есть на входе? Выровненные последовательности?

0

21.09.2023

Alexandra Rak Автор вопроса

Alexander S1r
Что у вас есть на входе? Выровненные последователь...

Да, и дерево, построенное на их основе в UGene

0

21.09.2023

Alexander S1r

Alexandra Rak
Да, и дерево, построенное на их основе в UGene

То есть дерево уже есть и его нужно визуализировать?

0

21.09.2023

Olga Kalinina

Alexander S1r
То есть дерево уже есть и его нужно визуализироват...

Это не то дерево)) Это простое филогенетическое (хз каким алгоритмом юджин строит, но что-то стандартное должно быть)

0

21.09.2023

Alexander S1r

Olga Kalinina
Это не то дерево)) Это простое филогенетическое (х...

There are three different phylogenetic trees building methods based on different algorithms: Neighbor-joining from the PHYLIP toolset, Bayesian inference from the MrBayes software and maximum likelihood from PhyML.

0

21.09.2023

Alexander S1r

Olga Kalinina
Это не то дерево)) Это простое филогенетическое (х...

Просто для timetree нужны даты, а если их нет то как его строить то

0

21.09.2023

Olga Kalinina

Alexander S1r
Просто для timetree нужны даты, а если их нет то к...

Ну вот да

0

21.09.2023

Nastya

Alexandra Rak
Да, и дерево, построенное на их основе в UGene

Возможно даты в названии образцов в выравнивании стоят? Посмотрите

0

21.09.2023

Alexandra Rak Автор вопроса

Olga Kalinina
Это не то дерево)) Это простое филогенетическое (х...

Я выбирала метод максимального подобия

0

21.09.2023

Olga Kalinina

Alexandra Rak
Я выбирала метод максимального подобия

*правдо*подобия?

0

21.09.2023

Alexandra Rak Автор вопроса

Nastya
Возможно даты в названии образцов в выравнивании с...

Да, даты есть в названии образцов, но мне нужно сделать отдельно временную шкалу, и с помощью UGene это не удаётся

0

21.09.2023

Alex

Olga Kalinina
Это просто реализация, причем не очень понятно чег...

Этого описания не достаточно?

0

21.09.2023

Alexander S1r

Alexandra Rak
Да, даты есть в названии образцов, но мне нужно сд...

Timetree попробуйте

0

21.09.2023

Alexandra Rak Автор вопроса

Alexander S1r
Timetree попробуйте

Нет, их тех поддержка ответила, что построить эволюционное дерево с помощью этого инструмента нельзя

0

21.09.2023

Alexander S1r

Alexandra Rak
Нет, их тех поддержка ответила, что построить эвол...

Очень странно, тогда Mr Bayes, BEAST

0

21.09.2023

Alexandra Rak Автор вопроса

Alexander S1r
Очень странно, тогда Mr Bayes, BEAST

Попробую, спасибо

0

21.09.2023

Olga Kalinina

Alex

Этого описания не достаточно?

Конечно, не достаточно! Люди десятки статей написали на эту тему, а тут такие - давайте максимизируем P(D|M)😂😂😂

0

21.09.2023

Nastya

Olga Kalinina
Конечно, не достаточно! Люди десятки статей написа...

А про какие три разные реализации вы говорили?

0

21.09.2023

Olga Kalinina

Nastya
А про какие три разные реализации вы говорили?

Ну как минимум RAxML, iqtree, fasttree. Есть и другие

0

21.09.2023

Alexander S1r

Nastya
А про какие три разные реализации вы говорили?

Тут просто штука в том, что, по-сути, все инструменты врут, но кто-то врёт больше, кто-то меньше) Вот в статьях Вы не увидите NJ методов, там минимум нужен ML

0

21.09.2023

Olga Kalinina

Alexander S1r
Тут просто штука в том, что, по-сути, все инструме...

Все, что я перечислила - это ML. А в статьях можно увидеть что угодно, зависит от задачи)

0

21.09.2023

Alexander S1r

Olga Kalinina
Все, что я перечислила - это ML. А в статьях можно...

И от статьи 😈

0

21.09.2023