Intel BWA, кажется, неконсистентен по результатам с обычным (были там

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Intel BWA, кажется, неконсистентен по результатам с обычным (были там

какие-то посты про это на github). Самый дешёвый вариант - Ryzen 5950x (16 ядер, 32 потока), 128G DDR4 3600 CL16 32G x 4. Это в $1000 с копейками уложится. Лучше Ryzen 7950x + 128G DDR5 6000. В Вашем случае обязательно нужен быстрый и надёжный SSD для референсного генома и индексов NVME, RAID от LSI Logic + 4 диска серверного уровня (HGST, WD Enterprise). Можно, конечно, сделать raid на SSD, но это другие деньги. Что надо от геномов кроме "обработать и хранить"? Как предполагается хранить бэкапы (и нужны ли они)?

0

19.01.2023

2 ответов

32 просмотра

Denis

Если памяти больше 64 Гб, то возможно стоит использовать BWA2 https://oyat.nl/bwa2/

0

20.01.2023

Alexander Predeus · Accepted Answer

Alexander Predeus

а можно ссылки на посты? мы его использовали недавно, может неудобно получиться

0

20.01.2023

Похожие чаты

Intel BWA, кажется, неконсистентен по результатам с обычным (были там

2 ответов

Похожие вопросы