Подскажите пожалуйста, как правильно с помощью эмбеддингов искать удалённые гомологи?

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Подскажите пожалуйста, как правильно с помощью эмбеддингов искать удалённые гомологи?

У меня совсем нет опыта в глубоком обучении.

Допустим, есть данные метагеномного секвенирования, в них я хочу найти гомологи какого-то конкретного белка. Назовем его белок Х. BLAST и HMMER я уже использовала, может использование эмбеддингов на том что осталось даст какой-то результат.

Правильно ли я понимаю, что для всех найденных контигов из метагеномных данных мне надо получить их эмбеддинги, и затем по какой-то метрике отобрать те, которые близки белку Х?

Тогда вопросы:
1) Какую метрику лучше использовать? Cosine similarity подойдёт?
2) Какие эмбеддинги лучше использовать? Подойдёт ли ESM-2?
Спасибо

0

02.05.2023

1 ответов

15 просмотров

Olga Kalinina · Accepted Answer

Olga Kalinina

Не надо так делать. Попробуйте hhblits и hhsearch

0

02.05.2023

Похожие чаты

Подскажите пожалуйста, как правильно с помощью эмбеддингов искать удалённые гомологи?

1 ответов

Похожие вопросы