Элайнмент выдает нам целое(!) число совпадаюищих букв. Чтобы перейти к процентам

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Alexander C

Элайнмент выдает нам целое(!) число совпадаюищих букв. Чтобы перейти к процентам

мы должны на что-то поделить - на что именно в случае ЛОКАЛЬНОГО выравнивания ?

0

08.05.2023

12 ответов

3 просмотра

Alexander C Автор вопроса

Arthur Zalevsky

Я понимаю, что BLAST это архаичный инструмент из в...

о, тут есть "идентити" ! а можешь пояснить пожалуйста: 1) ссылку на веб страничку , можно (прям с запросом) ? 2) 382 , 464, 420 - кто тут длины, а кто количество совпадающих ?

0

08.05.2023

Сергей Николенко

Arthur Zalevsky

Я понимаю, что BLAST это архаичный инструмент из в...

а что современне бласта сейчас ипользуется?

0

08.05.2023

Arthur Zalevsky

Alexander C
о, тут есть "идентити" ! а можешь пояснить пожал...

нуок. вот рандомный бласт первого попавшегося под руку белка https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Get&RID=5JJJ5HVC016

0

08.05.2023

Daniel Igumnov

Alexander C
о, тут есть "идентити" ! а можешь пояснить пожал...

464 длина таргета Из этих 464 382 совпало с референтом некоторым

0

08.05.2023

Olga Kalinina

Сергей Николенко
а что современне бласта сейчас ипользуется?

Артур сарказмирует. Эта классика не устарела (хотя не для всех задач подходит)

0

08.05.2023

Alexander C Автор вопроса

Daniel Igumnov
464 длина таргета Из этих 464 382 совпало с рефер...

То есть так определённое идентити двух белков не есть симметричное отношение , предлагается делить на длину первого , значит зависит кто есть первый Верно ?

0

08.05.2023

Arthur Zalevsky

Olga Kalinina
Артур сарказмирует. Эта классика не устарела (хотя...

:) но справедливости ради, mmseqs2 мне тоже люб. но для ручного анализа, особенно когда надо "порыться" вокруг интересующего объекта ничего лучше веб ncbi-blasta ничего не придумали, это факт.

0

08.05.2023

Daniel Igumnov

Alexander C
То есть так определённое идентити двух белков не е...

Мы таргет ищем где-то в каком-то геноме

0

08.05.2023

Olga Kalinina

Arthur Zalevsky
:) но справедливости ради, mmseqs2 мне тоже люб. н...

Я вообще всех люблю — и hmmer, и hhpred…

0

08.05.2023

Arthur Zalevsky

Alexander C
То есть так определённое идентити двух белков не е...

нормируется всегда на длину выравнивания. выравнивание идентично для обоих последовательностей. но доля выравнивания во всей последовательности может быть очень разной.

0

08.05.2023

Arthur Zalevsky

Arthur Zalevsky
нуок. вот рандомный бласт первого попавшегося под ...

можешь даже не брать, а просто посмотреть сюда на хиты со 100% query coverage

0

08.05.2023

Arthur Zalevsky · Accepted Answer

Arthur Zalevsky

Я понимаю, что BLAST это архаичный инструмент из времен палеолита (относительно мира сингл-селл), но т.к. это, как ни крути, один из ключевых алгоритмов и инструментов в биоинформатике, стоит хотя бы разок его запустить руками и изучить выдачу.

0

08.05.2023

Похожие чаты

Элайнмент выдает нам целое(!) число совпадаюищих букв. Чтобы перейти к процентам

12 ответов

Похожие вопросы