Похожие чаты

Привет. Не холивара ради, а заказа для, хочу узнать насколько

страшно собирать машину под обсчёт NGS на AMD. Быстрый гуглёж показал, что есть некие интеловские инструкции AVX-512, которые есть только на паре свежих АМДшных процов, и без них де, остальные процы АМД сильно проигрывают в скорости для не оптимизированных тулзов. При этом, АМД по цене\качеству весьма интересны. По чату по слову "AVX" ничего не нашёл, по "AMD" - рекомендации машин, похожих на желаемую маленькое сравнение с М1. Может кто делал бенчмарки всякие сравнительные? Мол полногеномная сборка - пять секунд на Интел, сутки на АМД. Может вообще надо копить на видяху в сервер.

15 ответов

9 просмотров

не проще сделать виртуалки в амазоне на аналогичном железе (включая гпу) и потестить свой конкретный пайплайн?

Dima-Romaniuk Автор вопроса
Arthur Zalevsky
не проще сделать виртуалки в амазоне на аналогично...

Если есть со всем этим опыт - проще. Мне проще спросить у спецов.

ну вы задаете очень узкий вопрос про поддержку специфичных инструкций (которая не может взяться из воздуха, и должна быть заложена в конкретное ПО (нативно или через библиотеки типа intel mkl - уже другой вопрос)) при этом даже не пишите какой софт/пайплайн вы используете. какой ответ вы ожидаете ¯\_(ツ)_/¯

Dima-Romaniuk Автор вопроса
Arthur Zalevsky
ну вы задаете очень узкий вопрос про поддержку спе...

Да я сам ещё вокруг выбора софта кружу, так что тут с двух сторон затык, пардон. Пусть будет Hisat2 как пример софта, использую его для выравнивания парных ридов по 150, для локуса в районе 5 млн оснований.

Dima Romaniuk
Да я сам ещё вокруг выбора софта кружу, так что ту...

Не почувствуете разницы Понял бы, если бы стар на гпу хотели гонять, а так вообще забейте

Dima-Romaniuk Автор вопроса
Daniel Igumnov
Не почувствуете разницы Понял бы, если бы стар н...

Супер, тоесть взять проц по душе, вложиться в ССД и РАМ допом, а про ГПУ забыть?

Dima Romaniuk
Супер, тоесть взять проц по душе, вложиться в ССД ...

Ну почему забыть. Изображение же на монитор выводить надо) Просто я не помню, чтобы была разница, на чем хисат гонять. Особенно, если локус в 5 млн всего

Dima Romaniuk
Да я сам ещё вокруг выбора софта кружу, так что ту...

ни в одном из обсуждений именно hisat2 avx не всплывают. но гуглится тонна других тулов, которые активно эксплуатируют векторизацию. так что на ваш исходный вопрос ответит только нативное тестирование. хотя бы в формате - на одной машине собраться с avx и без и сравнить разницу.

А разве топовые или околотоповые процессоры есть с буквой G? Я не знаю, что там сейчас на рынке , виноват

Daniel Igumnov
А разве топовые или околотоповые процессоры есть с...

для просто выводить консоль на экран обычно достаточно видеоконтроллера, встроенного в BMC (норма для материнских плат для рабочих станций/серверов) :) хотя мы даже не знаем категории железа, которую ТС рассматривает)

Dima Romaniuk
СуперМикро формат

ну супермикро выпускают все, что душе угодно) так что это не то, чтобы сильно сужает пространство)

Тут надо иметь в виду следующие соображения: 1. Современные десктопные интеловские процессоры - адище для вычислительных программ (ну или Вы сами выключите все недоядра, и останетесь на обычном 8-ядернике): в одном кристалле разные архитектуры с разным объёмом кэша/частоты и т.д. Xeon сильно недотягивают до серверных AMD по числу/скорости ядер 2. Что бы Вы ни купили, предстоит изрядная возня с компиляторами - либо Intel One со всеми библиотеками (уже легально бесплатен под Linux, ура!), либо с примерно тем же самым (компилятор + библиотеки) для AMD. Если возьмёте готовые бинарники, в случае NGS ничего страшного не произойдёт, в случае программ типа gromacs можно потерять до 60% скорости. 3. SSD реально нужен только для хранения геномов и геномных индексов, для остального лучше RAID на обычных дисках (если мы экономим, конечно). 4. Для сборки геномов deNovo и для множественных выравниваний нужно реально много памяти (в зависимости от генома и программ, но минимум, я так понимаю, 512G. 5. Если не будете заниматься Machine Learning, не тратьте заранее деньги на видеокарту - она в NGS не используется практически никак. 6. В молекулярной динамике и квантовой химии - надо ВСЕ деньги вложить в НЕСКОЛЬКО видеокарт можно с небольшим объёмом памяти, но максимальным суммарным количеством GPU-процессоров. 6. Для ML купите RTX A6000 (48G памяти решают при построении моделей), и на остаток на что хватит, процессор практически неважен.

Deepvariant и GLnexus вроде умеют с видеокартой работать, так что кое где и в NGS она нужна :)

Georgii Ozhegov
Deepvariant и GLnexus вроде умеют с видеокартой ра...

Гораздо лучше быть богатым и здоровым, но....

Похожие вопросы

Обсуждают сегодня

Карта сайта