Ну в общем, я пока что поняла, что тупо нельзя

Фух, я не знала, что так долго :)) Запустила просто местную программу для подбора праймеров, она уже 3ч считает и я думаю, а почему так долго... Захотела другим способом подобрать, более быстрым :)) От меня просто потребовали праймеры для 2-х генов выдать через пару часов 🙈 Как вы понимаете, у меня не вышло, и я мучаюсь совестью :))

0

19.05.2023

Vasily 🔭 🐁

Mary Sem
Фух, я не знала, что так долго :)) Запустила прост...

В таком случае я бы точно обошёлся опубликованными и не мучался бы совестью

0

19.05.2023

Mary Sem Автор вопроса

Vasily 🔭 🐁
В таком случае я бы точно обошёлся опубликованными...

Так вы же выше написали, что только 1/5 из опубликованных пар сработают :)) Кажется, это совсем нехорошо

0

19.05.2023

Mary Sem Автор вопроса

Natalia
Про 5 мин я имела в виду именно Primer-Blast для о...

Ок, тогда на всякий случай: Для однонуклеотидного положения в гене сколько примерно подбирается праймер по времени? А то у меня это тоже не за минуту происходит

0

19.05.2023

Natalia

Эм, интересно, почему так долго. Мы просто вручную проверяем в Lasergene, поэтому долго выходит. А первичный подбор в PerlPrimer довольно быстрый

0

19.05.2023

Natalia

Mary Sem
Ок, тогда на всякий случай: Для однонуклеотидного ...

У вас там какая-то нейронка в основе программы? Я не подбирала для однонуклеотидного положения, не могу сказать. У меня просто дифф.экспрессия

0

19.05.2023

Mary Sem Автор вопроса

Natalia
Эм, интересно, почему так долго. Мы просто вручную...

Предполагаю, что нечто местно написанное не очень оптимизировано 🫠 Но с этим позже разберёмся Нейронки точно никакой нет

0

19.05.2023

Mary Sem Автор вопроса

Mary Sem
Предполагаю, что нечто местно написанное не очень ...

Я просто поняла, что разбираться в тонне кода без комментариев, почти совсем не понимая, как подбираются праймеры - затея не очень

0

19.05.2023

Vladimir Shitov

Mary Sem
Я просто поняла, что разбираться в тонне кода без ...

ChatGPT отлично объясняет код, если что :)

0

19.05.2023

Mary Sem Автор вопроса

Vladimir Shitov
ChatGPT отлично объясняет код, если что :)

И учитывает контекст? Прикольно

0

19.05.2023

Vladimir Shitov

Mary Sem
И учитывает контекст? Прикольно

Можно объяснить, что это за программа и что хочется от неё получить, а потом скормить код и задавать вопросы. Получается довольно хорошо обычно

0

19.05.2023

Natalia · Accepted Answer

Natalia

В праймер-бласт точно проверьте, это дело 5 минут. Для остального я пользуюсь PerlPrimer и Lasergene, но они древние и я понятия не имею, где взять исходники. Но вроде советуют еще primer3, есть веб-версия, хотя я ею не пользовалась

0

19.05.2023

Похожие чаты

Ну в общем, я пока что поняла, что тупо нельзя

14 ответов

Похожие вопросы