Здравствуйте, коллеги! Подскажите пожалуйста, есть ли кто-то работавший с Оксфорд

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Здравствуйте, коллеги! Подскажите пожалуйста, есть ли кто-то работавший с Оксфорд

нанопор?
Возможно ли секвенирование генома на нанопор при низкой концентрации? Мы хотим провести секвенирование ряда образцов состоящих из одной мушки дрозофилы, соответственно концентрация ДНК будет низкой. Еще одна особенность - невозможно получить несколько образцов с одной мушки, поскольку она после анализа кончается)
Мы проводили NGS анализ в таких концентрациях на иллюмине, но учитывая количество необходимых образцов, стоимость эксперимента для получения статистической значимости выходит очень большой и ищем альтернативу.

0

22.05.2023

6 ответов

26 просмотров

Eugene

я не очень разбираюсь но вот ответ коллеги: «Ну действительно prep for nanopore requires more input DNA. Per-base cost of nanopore is much higher than ILMN. Quality is much lower. I don't understand why they would want to sequence the genome with nanopore. Может потому что им нужно очень мало сиквенса, а контрактор не берет маленькие образцы. Им нужен контрактор with a Miseq»

0

22.05.2023

Kirill Shur

PacBio? Сколько у вас ДНК получается с мухи?

0

23.05.2023

Anastasia Автор вопроса

Kirill Shur
PacBio? Сколько у вас ДНК получается с мухи?

Количественно примерно 1 мкг, очень важен вопрос цены. PacBio разве не дорогой?

0

23.05.2023

Kirill Shur

Anastasia
Количественно примерно 1 мкг, очень важен вопрос ц...

Ну смотря сколько вы платите за нанопор и иллюмину:) для пакбио нужен 1 мкг

0

23.05.2023

Anastasia Автор вопроса

Kirill Shur
Ну смотря сколько вы платите за нанопор и иллюмину...

Нам нужно минимум 50 образцов сделать, за 20 на иллюмине нам 3 миллиона сказали) А так от 50 до 220 образцов прогнать бы в идеале (в зависимости от финансовых возможностей, это размах выборки по разным гипотезам)

0

23.05.2023

Arthur Zalevsky · Accepted Answer

Arthur Zalevsky

@abeliavskaia делала много странных штук на нанопоре, мб что-то подскажет

0

22.05.2023

Похожие чаты

Здравствуйте, коллеги! Подскажите пожалуйста, есть ли кто-то работавший с Оксфорд

6 ответов

Похожие вопросы