Похожие чаты

Добрый день, вопрос! У меня есть координаты участков в hg38

в формате fasta, хочу посмотреть пересечение с генами (а точнее с экзонами и интронами). Можете пожалуйста подсказать где можно найти bed файл содержащий такие гены (разбитые на экзон/интрон)?

2 ответов

24 просмотра

я обычно беру аннотацию генкода (вот отсюда https://www.gencodegenes.org/human/), фильтрую белок-кодируюющие гены и их экзоны, перечекаю с ними. А чтобы получить пересечение с интронами, то делаю так - пересекаю с генами, а что получилось - с экзонами с опцией -v.

Добрый день! Вроде не увидела в рекомендациях. Можете попробовать ucsc browser, там можно собрать примерно любые bed файлы

Похожие вопросы

Обсуждают сегодня

30500 за редактор? )
Владимир
47
а через ESC-код ?
Alexey Kulakov
29
Anyone knows where there are some instructions or discort about failed bridge transactions ?
Jochem
21
Чёт не понял, я ж правильной функцией воспользовался чтобы вывести отладочную информацию? но что-то она не ловится
notme
18
Привет)) уже кажется эту тему перемусолили, но вот я так и не понял. Я сейчас сижу на 27дюймов 2к мониторе. На Актуальной макоси, если я куплю 27д 4к монитор: - будет ли изобр...
Vladislav Piskunov
16
Also, why can’t the community have a vote/ say when it comes to initiatives like buybacks. Isn’t the point of crypto decentralisation? Don’t we deserve input as long term supp...
👨🏽‍🦰
13
any reference of this implementation?
BitBuddha
29
Страшнейшая правда про списки ЦБ. С первых дней жизни P2P сферы, молодые человеки, начитавшись законодательной базы и "внутренних" документов, решили, что им противостоит сер...
Foxcool
3
У меня есть функция где происходит это: write_bit(buffer, 1); write_bit(buffer, 0); write_bit(buffer, 1); write_bit(buffer, 1); write_bit(buffer, 1); w...
~
14
Hi guys, any problem with Pulsebrige? Trying to transfer from wETH to ETH. First it tells me to connect my metamask "through mobile app" not desktop. Then I did and confirmed ...
Snowflakecrypto
13
Карта сайта