Добрый день, вопрос! У меня есть координаты участков в hg38

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Добрый день, вопрос! У меня есть координаты участков в hg38

в формате fasta, хочу посмотреть пересечение с генами (а точнее с экзонами и интронами). Можете пожалуйста подсказать где можно найти bed файл содержащий такие гены (разбитые на экзон/интрон)?

0

31.05.2023

2 ответов

23 просмотра

Anya Pavlova

Добрый день! Вроде не увидела в рекомендациях. Можете попробовать ucsc browser, там можно собрать примерно любые bed файлы

0

31.05.2023

Larisa Okorokova · Accepted Answer

я обычно беру аннотацию генкода (вот отсюда https://www.gencodegenes.org/human/), фильтрую белок-кодируюющие гены и их экзоны, перечекаю с ними. А чтобы получить пересечение с интронами, то делаю так - пересекаю с генами, а что получилось - с экзонами с опцией -v.

Похожие чаты

Добрый день, вопрос! У меня есть координаты участков в hg38

2 ответов

Похожие вопросы