Здравствуйте! Может кто-то знает как правильно собирать геномы с Illumina

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Здравствуйте! Может кто-то знает как правильно собирать геномы с Illumina

next seq. Там 8 выходных файлов на 1 образец: 4 прямые и 4 обратные.
Из нужно объединять и после сборка или каждая пара собирается отдельно ?

0

24.07.2023

5 ответов

12 просмотров

Elena Sharova

Alexander C
@NickKulemin @taigalokhidmolgenius @Avkitex

у вас один образец был на несколько дорожек\запусков разнесен?

0

24.07.2023

Y K

Если есть по 4, по сути, технические реплики, перед дальнейшей обработкой руки чешутся сделать consistency check через deepTools2 и провести PCA-анализ, чтобы быть уверенными в том, что нет выброса на какой-то одной дорожке.

0

24.07.2023

Elena Sharova

Y K
Если есть по 4, по сути, технические реплики, пере...

Кстати, да, можно. Но обычно подозрение сразу есть - по ридам, длинам, gc составу и т.д.

0

24.07.2023

Nikolay Kulemin

Добрый день)) Что только не знаем

0

24.07.2023