Существует ли какой-то обзор существующих бд для omics данных? Спрашиваю

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Существует ли какой-то обзор существующих бд для omics данных? Спрашиваю

поскольку скоро выложим свою multidimensional бд на питоне/hdf (по дефолту хдф, а так можно хоть tiff прикрутить), которая numpy array возвращает - я один из трех ее разработчиков и хотел бы потестить на омиксных данных

Вот в описании вакансии нашел эти бдшки: Gene Expression Omnibus (GEO), Sequence Read Archive (SRA), ENCODE, or ArrayExpress;

Есть по ним какая-нибудь табличка?

0

26.07.2023

9 ответов

11 просмотров

Nikolay Kulemin

Это в смысле как инфраструктура или как сутевая база?

0

26.07.2023

Яков Матюшин Автор вопроса

Nikolay Kulemin
Это в смысле как инфраструктура или как сутевая ба...

зависит от определения и доступа но скорее инфраструктурная, если я правильно понимаю разницу

0

26.07.2023

Яков Матюшин Автор вопроса

Nikolay Kulemin
Это в смысле как инфраструктура или как сутевая ба...

первое

0

26.07.2023

Vitaly Voloshin

А как ваш формат/бд отличается от AnnData (https://anndata.readthedocs.io/en/latest/)? Последний хоть и создавался для single cell но вполне подходит к практически любому omics (кроме наверное генетики и то вопрос).

0

26.07.2023

Яков Матюшин Автор вопроса

Vitaly Voloshin
А как ваш формат/бд отличается от AnnData (https:/...

Отличия есть, документация на релизе будет

0

26.07.2023

Vitaly Voloshin

Яков Матюшин
Отличия есть, документация на релизе будет

Ну раз уж сказали А, говорите и Б. Так как оно соотносится и расскажите уже хоть немного про вашу систему. Уж очень интересно. Сам на самом деле разрабатывал нечто подобное (даже есть прототип) но потом начался ковид с локдаунами и времени стало катастрофически не хватать ни на что... А потом обнаружил anndata и понял что велосипед изобретать уже нет смысла.

0

27.07.2023

Яков Матюшин Автор вопроса

Vitaly Voloshin
Ну раз уж сказали А, говорите и Б. Так как оно соо...

До релиза осталось совсем немного) Я вообще питонист, но хотел бы через эту бд попробовать вкатиться в биоинформатику потихоньку, перевожусь в алферовский университет пока что

0

27.07.2023

Vitaly Voloshin

Яков Матюшин
До релиза осталось совсем немного) Я вообще питони...

Ну я работаю практически исключительно на питоне. R использую только в крайней необходимости совместимости с другими людьми.

0

27.07.2023

Mr.britva · Accepted Answer

Mr.britva

Можно просто забить названия в гугле и почитать, а вообще если планируете работать с омиксными данными это надо знать

0

26.07.2023

Похожие чаты

Существует ли какой-то обзор существующих бд для omics данных? Спрашиваю

9 ответов

Похожие вопросы