Коллеги, скажите, пожалуйста, есть ли какой-то всеми признанный пакет для

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Коллеги, скажите, пожалуйста, есть ли какой-то всеми признанный пакет для

исследования изменений экспрессии в избранных регионах (в т.ч. некодирующих)? Т.е. мне приходит в голову только построить профили экспрессии при помощи либо самого STAR, либо выравнять на геном при помощи STAR, потом в BAM оставить только интересующие регионы, сконвертировать BAM в bedgraph через bedtools genomecov, и потом применить MACS2. Это даст пики fold change over control. Но локальный, без полногеномной статистики. Есть что-нибудь готовое?

0

05.08.2023

4 ответов

21 просмотр

Y K Автор вопроса

Mr.britva
Сделать обычным тулом, а потом выбрать то что нужн...

Что такое "обычный тул" для исследования изменения экспрессии в некодирующих областях? С учётом наличия реплик, анализа их консистентности и т.д.?

0

05.08.2023

Mr.britva

Y K
Что такое "обычный тул" для исследования изменения...

А что такое некодирующие регионы? Если это всякие микрорнк и псевдогены - экспрессия с них вполне ловится стандартными пайплайнами типа https://github.com/nextflow-io/rnaseq-nf

0

05.08.2023

Alexey Stupnikov

Можно смотреть с помощью stereogene например

0

05.08.2023

Mr.britva · Accepted Answer

Mr.britva

Сделать обычным тулом, а потом выбрать то что нужно?

0

05.08.2023

Похожие чаты

Коллеги, скажите, пожалуйста, есть ли какой-то всеми признанный пакет для

4 ответов

Похожие вопросы