А для чего в бам файле в заголовке у тэга

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

А для чего в бам файле в заголовке у тэга

RG есть поле KS? В спецификации написано "KS The array of nucleotide bases that correspond to the key sequence of each read.", но если честно не понимаю, что это означает.

0

10.08.2023

3 ответов

16 просмотров

Антон Смирнов Автор вопроса

Marco Scavenger
In some embodiments, a read structure for a sequen...

Это цитата из спецификации?

0

10.08.2023

Marco Scavenger

Антон Смирнов
Это цитата из спецификации?

Нет, в спецификации как раз какая-то куцая фраза про array of bases corresponding to key sequences, это в патенте каком-то расписано.

0

10.08.2023

Marco Scavenger · Accepted Answer

In some embodiments, a read structure for a sequencing read with molecular tagging may include, starting from the 5' end, a library key, a barcode sequence, a barcode adapter, a prefix molecular tag, a sequence template, a suffix molecular tag, and a PI adapter. Base calling may include trimming the library key, barcode sequence and barcode adapter from the rest of the sequencing read and storing them in the key sequence (KS) tag field of the read group header @RG of the BAM file format Видимо, там может лежать отодранный от рида баркод или еще какая-то техническая последовательность.

Похожие чаты

А для чего в бам файле в заголовке у тэга

3 ответов

Похожие вопросы