Всем привет! Мне на звонке с инженерами из Nanostring сказали,

Question

(sci)Berloga Bioinformatics, Biology, etc. Club

Всем привет! Мне на звонке с инженерами из Nanostring сказали,

что делать сегментацию клеток в 3D настолько сложно, что почти невозможно. По крайней мере никому из их конкурентов в spatial transcriptomics по их словам такое не удалось. Но они не смогли ответить, в чём природа проблемы. Беглый поиск в Гугле находит море статей по 3D сегментации в КТ/МРТ и других модальностях. Поэтому я переношу вопрос сюда – в чём может быть сложность в 3D сегментации клеток в spatial transcriptomics? Может быть есть экспериментальные пайплайны или подходы из статей, которые можно было бы попробовать?

0

06.09.2023

7 ответов

23 просмотра

Alexander C

а что значит 3д ? обычно же spatial - 2д

0

06.09.2023

Vasily 🔭 🐁 Автор вопроса

Alexander C
а что значит 3д ? обычно же spatial - 2д

Да, но их 2D это compressed 3D

0

06.09.2023

Alexander C

Vasily 🔭 🐁
Да, но их 2D это compressed 3D

что значит компрессед 3д ?

0

06.09.2023

Aleksandr Sarachakov

CellPose из коробки умеет сегментить клетки в 3d https://www.10xgenomics.com/resources/analysis-guides/performing-3d-nucleus-segmentation-with-cellpose-and-generating-a-feature-cell-matrix

0

06.09.2023

Vasily 🔭 🐁 Автор вопроса

Aleksandr Sarachakov
CellPose из коробки умеет сегментить клетки в 3d h...

Тогда это ещё более странно, потому что они как раз его и используют в пайплайне

0

06.09.2023

Ael Deyr

Может они имеют в виду "точную сегментацию"? CellPose, BCM3D и аналоги они же больше про "посчитать сколько клеток", нет? Чем про "найти где точно проходит граница между двумя клетками"? Особенно при высоком шуме, особенно при высокой плотности

0

06.09.2023

Ael Deyr · Accepted Answer

Ael Deyr

Сегментация отдельных клеток или каждой клетки внутри?

0

06.09.2023

Похожие чаты

Всем привет! Мне на звонке с инженерами из Nanostring сказали,

7 ответов

Похожие вопросы